结论：合同金额3万元被单位罚2万元是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况和合同条款来判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同条款的约定
合同中有明确约定：
- 如果合同中明确约定了违约责任，包括违约金或罚款的数额或计算方式，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么单位按照合同约定罚款2万元可能是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。但约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
合同中没有明确约定：
- 如果合同中没有明确约定违约责任或罚款条款，单位单方面罚款2万元可能缺乏合同依据，从而构成违法。
二、罚款的合法性与合理性
合法性：
- 罚款作为一种行政处罚措施，通常只能由法律、法规授权的行政机关或组织在法定职权范围内实施。单位作为民事主体，一般不具备罚款的权力，除非法律、法规有特别规定或合同中有明确约定。
- 如果单位未经法律、法规授权或合同约定，擅自对员工或合同相对方进行罚款，可能构成违法。
合理性：
- 即使合同中有罚款条款，罚款的数额也应当合理，不得过分高于造成的损失。如果罚款数额明显不合理，可能被视为显失公平，从而影响其合法性。
- 计算公式示例（假设用于评估罚款是否合理）：若实际损失为X元，合同约定的罚款为Y元，若Y远大于X（如Y是X的数倍），则可能被视为不合理。
三、具体情境下的分析
- 如果罚款是基于合同违约：且合同中有明确约定违约责任和罚款条款，且罚款数额合理，那么单位罚款2万元可能是合法的。
- 如果罚款缺乏合同依据或法律依据：或者罚款数额明显不合理，那么单位罚款2万元可能是违法的。此时，受罚方有权拒绝支付罚款，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。
四、建议
- 审查合同条款：首先审查合同中是否有关于违约责任和罚款的明确约定。
- 评估罚款合理性：如果合同中有罚款条款，评估罚款数额是否合理，是否过分高于造成的损失。
- 寻求法律帮助：如果对罚款的合法性或合理性有疑问，建议咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
总结：合同金额3万元被单位罚2万元是否合法，取决于合同条款的约定、罚款的合法性与合理性以及具体情境下的分析。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。