针对“非法同居生子，三年后女方离开怎么办”这一问题，首先需要明确的是，我国法律上并不存在“非法同居”这一概念，通常所说的“非法同居”一般指的是有配偶者与他人同居或者双方以夫妻名义共同生活但未办理结婚登记的情况。不过，不论是否构成法律上的“非法同居”，双方所生育的子女均享有与婚生子女同等的权利。以下是从不同角度给出的分析和建议：

1. 子女抚养问题：

   • 抚养权归属：无论父母是否结婚，子女都有权获得父母的抚养和关爱。如果双方无法就抚养权达成一致，可以通过诉讼途径解决。法院在判决抚养权归属时，会综合考虑子女的年龄、健康状况、父母的抚养能力和条件等因素，以子女利益最大化为原则进行裁决。
   • 抚养费支付：非直接抚养子女的一方有义务支付抚养费，直至子女年满18周岁或能够独立生活为止。抚养费的数额和支付方式可以由双方协商确定，协商不成的，由法院判决。一般来说，抚养费包括生活费、教育费、医疗费等必要费用。

2. 财产分割问题：

   • 同居期间财产：如果双方在同居期间有共同财产，如共同购置的房产、车辆、存款等，这些财产在分手时应当进行分割。分割原则一般参照夫妻共同财产的分割原则，即根据双方的贡献、出资比例等因素进行合理分配。
   • 个人财产：各自名下的个人财产，如婚前财产、个人继承或受赠的财产等，通常归各自所有，不进行分割。

3. 法律程序建议：

   • 协商解决：首先，建议双方尝试通过协商解决子女抚养和财产分割问题。协商过程中，可以寻求亲友或专业人士的协助，以达成双方都能接受的解决方案。
   • 诉讼途径：如果协商不成，可以向法院提起诉讼，请求法院就子女抚养和财产分割问题作出判决。在诉讼过程中，需要提供相关证据证明自己的主张，如子女出生证明、财产购置凭证等。

4. 注意事项：

   • 保留证据：在处理此类问题时，保留相关证据至关重要。无论是协商还是诉讼，都需要有充分的证据来支持自己的主张。
   • 寻求专业帮助：由于涉及法律问题，建议寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、协助准备证据材料、代表出庭等全方位的法律服务。

针对您的情况，如果女方离开后，双方无法就子女抚养和财产分割问题达成一致，我建议您首先尝试与女方进行协商，看是否能够达成共识。如果协商不成，您可以考虑向法院提起诉讼，通过法律途径解决问题。在整个过程中，务必保留好相关证据，并寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分保障。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。