交通肇事负主要责任的医生编制职工不一定会被开除，是否开除需根据具体情况和相关规定来判断。以下从不同角度为你详细分析：

从事业单位人事管理规定角度

根据《事业单位工作人员处分暂行规定》等相关规定，事业单位工作人员有违法违纪行为，应当给予处分的，由单位或者主管部门根据事实和情节，依照本规定给予处分。交通肇事负主要责任，如果造成了严重后果，比如重大人员伤亡或者重大财产损失，且该行为属于严重违反职业道德、社会公德或者工作纪律的行为，那么单位有可能依据规定给予开除处分。

例如，某医生在驾驶单位车辆执行公务途中，因严重违反交通规则导致发生重大交通事故，造成多人死亡和重大财产损失，且该医生在事故中负主要责任。这种情况下，单位可能会认为该医生的行为严重损害了单位形象，违反了工作纪律和社会公德，从而依据规定给予开除处分。

但如果交通肇事造成的后果相对较轻，没有达到严重违反职业道德、社会公德或者工作纪律的程度，单位可能不会直接给予开除处分，而是会根据具体情况给予警告、记过、降低岗位等级或者撤职等处分。比如，医生在非工作时间驾驶私家车发生交通事故，负主要责任，但只是造成了轻微的人员受伤和较小的财产损失，单位可能不会开除该医生，而是给予相对较轻的处分。

从劳动合同角度

医生编制职工与单位之间存在劳动合同关系（虽然编制职工的劳动合同关系有其特殊性，但同样受相关劳动法律法规的调整）。根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。如果单位的规章制度中明确规定交通肇事负主要责任属于严重违反规章制度的行为，那么单位有权依据规章制度解除与该医生的劳动合同，即开除该医生。

然而，如果单位的规章制度中没有相关规定，或者规定不明确，单位就不能仅以交通肇事负主要责任为由直接开除医生。此时，单位需要综合考虑事故的后果、医生的主观过错程度等因素，与医生进行协商解除劳动合同，或者按照法定程序解除劳动合同。比如，医生在交通事故中负主要责任，但单位规章制度中没有对此类情况进行明确规定，单位就不能直接开除医生，而是需要与医生协商解决，或者根据医生的过错程度和事故后果，按照法定程序解除劳动合同。

从刑事责任角度

如果交通肇事行为构成了交通肇事罪，医生被依法追究刑事责任。根据《事业单位工作人员处分暂行规定》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，事业单位工作人员被依法判处刑罚的，给予降低岗位等级或者撤职以上处分。其中，被依法判处有期徒刑以上刑罚的，给予开除处分。所以，如果医生因交通肇事罪被判处有期徒刑以上刑罚，单位一般会给予开除处分。

但如果医生被判处的是管制、拘役等刑罚，单位不一定会给予开除处分，而是会根据具体情况给予其他处分。比如，医生因交通肇事罪被判处拘役，单位可能会根据医生的平时表现、事故后果等因素，给予警告、记过等处分，而不一定开除。

建议：如果医生编制职工发生了交通肇事且负主要责任，建议积极与单位沟通，如实说明情况，争取单位的谅解。同时，要了解单位的规章制度和相关法律法规，维护自己的合法权益。如果对单位的处理决定有异议，可以通过合法途径进行申诉或者寻求法律帮助。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律解答。