结论：公司不同意请假却将员工行为算作旷工并倒扣3天工资的做法，通常是不合法的。员工有权根据法律规定和公司规章制度来维护自己的合法权益。

分析：

1. 旷工的定义与法律规定：

   • 旷工通常指的是员工无正当理由未到岗工作，且未按照公司规定履行请假手续的行为。
   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工享有休息休假的权利，同时也有义务遵守公司的规章制度。但公司不能随意将员工的正常请假行为视为旷工。

2. 公司规章制度的合法性：

   • 公司的规章制度必须合法、合理，且经过民主程序制定并公示，才能对员工产生约束力。
   • 如果公司的规章制度中明确规定了请假的流程和条件，但员工已经按照流程提出了请假申请，且请假理由合理，那么公司无权将员工的请假行为视为旷工。

3. 倒扣工资的合法性：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
   • 如果公司因为员工“旷工”而倒扣工资，但这一“旷工”行为实际上是基于公司不同意请假而产生的，那么公司的这一做法就是违法的。员工有权要求公司补发被扣的工资。

4. 员工的维权途径：

   • 如果员工认为公司的做法不合法，可以先与公司进行协商，要求公司纠正错误做法并补发工资。
   • 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

建议：

• 保留证据：员工在请假时，应保留好相关的请假申请、审批记录等证据，以便在需要时证明自己的请假行为是合理的。
• 及时沟通：如果公司不同意请假，员工应及时与公司沟通，了解公司的具体原因和依据，并尝试协商解决。
• 依法维权：如果公司的做法确实违法，员工应依法维权，不要因为害怕而放弃自己的合法权益。

可能后果：

• 如果员工成功维权，公司可能需要补发被扣的工资，并可能面临劳动监察部门的处罚。
• 如果员工未能成功维权，可能会面临一定的经济损失，但也可以通过进一步法律途径来寻求救济。

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