针对您提出的“鸡棚有买卖合同但大队跟相关部门没有登记怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，鸡棚（或养殖大棚）的建设和使用，通常涉及到土地的使用和管理问题。根据一般的土地管理法规，设施农用地（如养殖大棚所占用的土地）需要办理相应的备案手续，以确保其合法性和合规性。

一、关于未登记（未备案）的影响

1. 合法性风险：如果鸡棚的建设未按照当地土地管理法规的要求进行备案，那么其合法性可能会受到质疑。在极端情况下，如果相关部门进行土地执法检查，未备案的鸡棚可能会被视为违法用地，面临被拆除或罚款的风险。

2. 权益保障：虽然您已经签订了鸡棚的买卖合同，但未进行登记（备案）可能会影响您在土地使用、产权保护等方面的权益。例如，在发生土地纠纷时，未备案的鸡棚可能难以得到法律的有效保护。

二、建议的解决步骤

1. 了解当地法规：

   • 首先，您需要详细了解当地关于设施农用地备案的具体法规和要求。这可以通过咨询当地乡镇政府、自然资源主管部门或农业农村部门来获取。

2. 准备备案材料：

   • 根据当地法规的要求，准备相应的备案材料。这可能包括土地使用证明、鸡棚建设规划、买卖合同等。

3. 向相关部门申请备案：

   • 将准备好的备案材料提交给当地乡镇政府或指定的备案机构进行申请。在申请过程中，可能需要填写相关的备案表格并缴纳一定的费用。

4. 跟进备案进度：

   • 提交备案申请后，及时跟进备案进度。如果备案过程中遇到问题或需要补充材料，应积极配合相关部门的要求进行解决。

5. 咨询法律专业人士：

   • 如果您在备案过程中遇到复杂的法律问题或纠纷，建议咨询法律专业人士的意见。他们可以提供专业的法律建议和帮助您解决相关问题。

三、特殊情况处理

• 如果当地乡镇政府或相关部门拒绝办理备案手续，您可以向上级部门或相关监管机构进行投诉和申诉。同时，保留好所有相关的证据和文件，以备不时之需。

四、预防措施

• 在未来的土地使用和鸡棚建设过程中，建议您提前了解并遵守当地的土地管理法规和要求，确保所有手续齐全、合规。这样可以有效避免类似的法律风险和纠纷。

综上所述，虽然您已经签订了鸡棚的买卖合同，但未进行登记（备案）可能会带来一定的合法性和权益保障风险。因此，我建议您尽快了解当地法规、准备备案材料并向相关部门申请备案。如果遇到问题或纠纷，及时咨询法律专业人士的意见并采取相应的解决措施。