针对您提出的“宅基地居住有协议但没有登记怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，必须经过依法登记才能发生效力。如果农村宅基地的居住权没有登记，那么这项权利在法律上就没有得到确认和保护，也就是说，它不会产生法律效力。

为了保障您的权益，我建议您尽快进行宅基地居住权的登记。登记流程一般包括以下几个步骤：

1. 准备相关材料：

   • 宅基地使用权证：这是证明您对宅基地有使用权的重要文件。
   • 身份证：用于证明您的身份。
   • 户口簿：用于证明您与宅基地所在村集体的关系。
   • 居住权协议：如果您与宅基地的原使用人或其他相关方有居住权协议，也需要一并准备。

2. 前往当地土地管理部门或不动产登记中心进行申请：

   • 您需要亲自或委托他人前往相关部门进行申请，并提交上述准备好的材料。

3. 提交申请材料，并缴纳相关费用：

   • 在提交材料时，您可能需要缴纳一定的登记费用，具体金额和缴纳方式请咨询当地相关部门。

4. 等待审核：

   • 相关部门会对您的申请材料进行审核，确认其真实性和合法性。

5. 领取不动产登记证明：

   • 一旦审核通过，您就可以领取不动产登记证明，确认宅基地居住权。

另外，如果宅基地批准使用后一直未办理登记，且原批准使用人已经死亡，但“户”中还有其他成员，那么批准使用人的死亡并不影响该“户”的宅基地使用权，可由现在的户主申请登记。如果“户”中已没有其他成员，按照《继承法》规定，宅基地上的房屋可由继承人继承，因继承房屋占用宅基地的，也可按规定申请登记。

总之，为了保障您的宅基地居住权得到法律的确认和保护，我建议您尽快按照上述流程进行登记。如果您在登记过程中遇到任何问题或困难，可以随时咨询当地土地管理部门或不动产登记中心的工作人员。