针对您提出的“员工转正纸质档没有批准，系统自动转正是否合法”的问题，这主要涉及到公司内部的转正流程以及相关法律法规的遵循情况。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，员工转正通常涉及公司内部的审批流程，这一流程可能包括纸质档的审批以及系统内的操作。纸质档的审批是公司内部管理的一种常见方式，它用于记录并确认员工的转正申请已经得到了相关负责人的批准。而系统自动转正，则可能是公司为了简化流程、提高效率而采用的一种技术手段。
关于合法性分析：
公司规章制度：
- 公司应制定明确的转正流程和规章制度，明确转正的条件、审批程序以及系统操作的相关规定。
- 如果公司规章制度中明确规定了转正需要纸质档批准，并且系统自动转正与这一规定相悖，那么系统自动转正可能构成违规。
劳动合同与法律法规：
- 劳动合同是员工与公司之间约定权利义务的重要文件。如果劳动合同中明确规定了转正的条件和程序，公司应严格遵守。
- 同时，公司也应遵守国家相关的劳动法律法规，确保员工的合法权益不受侵害。如果系统自动转正违反了法律法规或劳动合同的规定，那么这一行为可能是不合法的。
实际操作与程序正义：
- 即使公司采用了系统自动转正的技术手段，也应确保这一操作符合公司内部的审批流程和程序正义。
- 系统自动转正不应成为绕过必要审批程序的借口，否则可能引发劳动纠纷和法律风险。
建议与措施：
核实公司规章制度：
- 员工应首先核实公司的规章制度，了解转正的具体条件和审批程序。
- 如果发现系统自动转正与规章制度不符，应及时向公司人力资源部门或相关负责人提出异议。
与公司沟通协商：
- 员工可以与公司进行沟通协商，要求公司按照规章制度和劳动合同的规定进行转正审批。
- 如果公司坚持系统自动转正的做法，员工可以要求公司出具书面说明或解释，并保留相关证据。
寻求法律援助：
- 如果员工认为公司的做法侵犯了自己的合法权益，可以寻求法律援助或咨询专业律师。
- 律师可以根据具体情况为员工提供法律建议和帮助，维护员工的合法权益。
综上所述，员工转正纸质档没有批准而系统自动转正是否合法，取决于公司的规章制度、劳动合同以及相关法律法规的规定。如果这一做法违反了相关规定或程序正义，员工有权提出异议并寻求法律援助。