政府是否有权关闭景区内有营业执照的店铺，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
基于公共安全或公共利益的需要
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政许可法》第八条的规定，行政机关为了公共利益的需要，可以依法变更或者撤回已经生效的行政许可。这意味着，如果景区内的店铺存在安全隐患、环境污染问题，或者其经营活动与景区的整体规划、功能定位不符，且这种不符已经影响到了公共利益，政府有权采取关闭等措施。
- 实际操作：在实际操作中，政府通常会先进行调查取证，确认店铺确实存在上述问题后，会依法作出关闭决定，并会给予店铺一定的整改期限或补偿。
基于法律法规的直接规定
- 特定行业限制：某些特定行业（如食品、药品、危险化学品等）的店铺，如果违反了相关法律法规的规定，如未取得相应的经营许可、未达到安全标准等，政府有权直接关闭这些店铺。
- 环保要求：如果店铺的经营活动违反了环保法规，如排放超标、未进行环境影响评价等，政府也有权责令其停业整顿或关闭。
基于合同或协议的约定
- 租赁合同：如果店铺是租赁景区内的场地进行经营，且租赁合同中明确约定了如果店铺违反某些规定（如卫生、安全、环保等），景区管理方或政府有权解除合同并关闭店铺，那么在这种情况下，政府或景区管理方也有权依据合同约定采取关闭措施。
- 合作协议：如果店铺与景区之间存在合作协议，且协议中规定了类似的条款，同样适用上述原则。
程序合法性
- 正当程序：无论基于何种原因关闭店铺，政府都必须遵循正当程序，包括事先通知、听取陈述申辩、作出书面决定等。如果政府未遵循这些程序，店铺有权提起行政复议或行政诉讼来维护自己的合法权益。
- 补偿问题：如果政府因公共利益需要关闭店铺，且这种关闭给店铺造成了损失，政府应当依法给予补偿。
建议：
- 如果您是景区内店铺的经营者，且面临被关闭的风险，建议您首先了解关闭的具体原因和法律依据。
- 如果您认为政府的关闭决定不合法或不合理，您可以及时咨询专业律师（如我），了解自己的权利和救济途径。
- 在经营过程中，您也应严格遵守相关法律法规和合同约定，确保自己的经营活动合法合规，以减少被关闭的风险。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。