结论：综合执法部门是否有权让商户关门停业，并非仅凭营业执照的存在与否来决定，而是需要依据具体的法律法规和执法程序来判断。以下从多个角度进行分析：

1. 综合执法部门的职权范围：

   • 综合执法部门通常负责执行城市管理、市场监管、环境保护等多方面的法律法规。其职权范围广泛，但具体到让商户关门停业这一行为，必须严格依据相关法律法规的授权。
   • 例如，如果商户存在违反城市管理规定（如占道经营、乱堆乱放等）或市场监管规定（如销售假冒伪劣产品、无证经营等）的行为，综合执法部门在依法调查取证后，有权根据相关法律法规采取责令停业整顿等行政处罚措施。

2. 营业执照的作用与限制：

   • 营业执照是商户合法经营的凭证，表明商户已经按照法律法规的规定进行了注册登记，并获得了从事特定经营活动的资格。
   • 然而，营业执照的存在并不意味着商户可以无视其他法律法规的规定。如果商户在经营过程中违反了相关法律法规，即使持有营业执照，也可能面临行政处罚，包括责令停业整顿。

3. 执法程序与商户权益保障：

   • 综合执法部门在采取责令停业整顿等行政处罚措施时，必须遵循严格的执法程序，包括调查取证、告知权利、听取陈述申辩、作出处罚决定等。
   • 商户在接到综合执法部门的处罚决定后，有权依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

4. 具体情境下的法律分析：

   • 如果商户仅因营业执照问题（如未按时年检、营业执照过期等）被综合执法部门要求关门停业，这通常是不合法的。因为营业执照的年检或更新问题，一般属于工商管理部门的职责范围，且通常不会直接导致商户停业。
   • 如果商户存在其他违法行为（如销售违禁品、未取得相关许可证等），综合执法部门在依法调查取证后，有权根据相关法律法规采取责令停业整顿等措施。

法律建议：

• 作为商户，应严格遵守相关法律法规的规定，确保合法经营。
• 如果收到综合执法部门的处罚决定，应仔细审查处罚决定的合法性和合理性，如有异议，应及时依法申请行政复议或提起行政诉讼。
• 在日常经营中，应积极与综合执法部门沟通，了解相关法律法规和政策要求，避免因不了解规定而遭受不必要的损失。

可能法律后果：

• 如果商户确实存在违法行为，且综合执法部门依法采取了责令停业整顿等措施，商户应积极配合整改，否则可能面临更严重的法律后果，如罚款、吊销营业执照等。
• 如果商户认为综合执法部门的处罚决定不合法或不合理，且未依法申请行政复议或提起行政诉讼，则可能错过维护自己合法权益的时机。

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