结论前置：公司因考勤扣员工工资是否合法，需根据具体情况判断，包括公司的规章制度、扣除的数额、考勤记录的准确性以及劳动者的基本工资构成等因素。
一、合法性分析
公司规章制度：
- 制定与公示：公司若要在考勤方面扣除员工工资，其规章制度中必须明确规定考勤制度，并且该制度需经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论通过），同时向劳动者进行公示或告知。若规章制度未经过上述程序，或未对劳动者进行公示或告知，则公司据此扣考勤工资是不合法的。
- 内容合法性：规章制度中的考勤扣款条款必须符合法律法规的规定，不能违反法律的强制性规定。例如，不能设定过高的罚款标准，或者无证据证明劳动者旷工就随意扣工资等。
扣除数额的合理性：
- 法定限制：扣除的考勤工资数额应符合法律规定，一般不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。若扣除数额过高，超出了法律规定的限度，或导致劳动者工资低于最低工资标准，则公司的扣款行为是不合法的。
- 比例与影响：即使扣除比例在20%以内，但如果扣除后对劳动者的生活造成较大影响，也可能被认为是不合理的。
考勤记录的准确性：
- 真实反映：公司的考勤记录应准确无误，反映员工的真实出勤情况。若考勤记录存在错误，如将正常出勤记录为旷工，从而扣除考勤工资，这种情况是不合法的。
- 举证责任：在劳动争议中，公司通常需要承担举证责任，证明员工的考勤违规行为。若公司无法提供充分证据，则可能面临败诉风险。
工资构成的影响：
- 基本工资与福利：基本工资和固定福利是劳动者应得的报酬，不能随意扣除。若公司无故扣除这部分工资作为考勤罚款，是不合法的。
- 奖励性待遇：奖励性待遇（如绩效奖金）的扣除则需基于合理的考勤制度或合同条款。若合同或制度中未明确规定，或规定不合理，则也可能构成非法扣除。
二、应对措施
与公司协商：
- 友好沟通：首先尝试与公司进行友好协商，了解扣工资的具体原因，并要求公司给出合理解释。
- 提出异议：如因打卡记录问题导致的扣工资，可提出异议并要求公司重新核查考勤记录。
投诉举报：
- 劳动监察部门：若协商无果，可向当地的劳动监察部门投诉举报，请求其对公司的行为进行调查并采取措施保护劳动者权益。
- 提供证据：在投诉时，应提供劳动合同、工资条、考勤记录等相关证据以支持自己的主张。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 劳动仲裁：若投诉举报后问题仍未解决，可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁过程中，双方需提交证据并接受仲裁庭的调解或裁决。
- 提起诉讼：对仲裁结果不服的，还可向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，法院将依法审理并作出判决。
三、实际案例与启示
- 案例概述：在实际案例中，有些公司因考勤问题扣除员工工资后，被员工起诉至法院。法院在审理此类案件时，会综合考虑公司的规章制度、劳动合同、考勤记录以及员工的实际情况等因素，作出公正的判决。
- 启示：公司在处理考勤和工资问题时，必须严格遵守法律法规和规章制度，确保行为的合法性和合理性。同时，劳动者也应积极了解自己的权益和维权途径，在面临无故克扣工资时勇敢站出来维护自己的合法权益。
总结：公司因考勤扣员工工资是否合法需根据具体情况判断。劳动者在面临此类问题时，应首先了解公司的规章制度和劳动合同中的相关规定；其次与公司进行友好协商；若协商无果则可向劳动监察部门投诉举报或申请劳动仲裁；对仲裁结果不服的还可向人民法院提起诉讼。作为劳动者，应积极了解自己的权益和维权途径，在必要时勇敢站出来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。