结论：公司配合做劳动能力鉴定时，劳动者通常不需要直接将材料交给公司，而是应按照法定程序提交给劳动能力鉴定委员会。不过，具体流程可能因地区和实际情况有所不同，以下为你详细分析。

劳动能力鉴定材料提交的一般流程

1. 劳动者准备材料：劳动者在申请劳动能力鉴定时，需要准备一系列相关材料，如工伤认定决定书、身份证、病历资料、诊断证明等。这些材料是证明劳动者工伤情况和劳动能力受损程度的重要依据。

2. 提交至劳动能力鉴定委员会：劳动者应将准备好的材料提交给当地的劳动能力鉴定委员会，而不是直接交给公司。劳动能力鉴定委员会是负责组织劳动能力鉴定的专门机构，具有独立性和权威性。

3. 公司配合：虽然劳动者不需要直接将材料交给公司，但公司在劳动能力鉴定过程中也扮演着重要角色。公司应配合劳动能力鉴定委员会的工作，如提供必要的证明材料、协助安排劳动者进行鉴定等。

特殊情况下的材料提交

1. 公司代为提交：在某些特殊情况下，如劳动者因伤势严重无法亲自提交材料，或者公司出于管理需要希望代为提交材料时，劳动者可以与公司协商，由公司代为将材料提交给劳动能力鉴定委员会。但这种情况下，劳动者应确保公司代为提交的材料真实、完整，并保留好相关证据。

2. 地区差异：不同地区的劳动能力鉴定流程可能存在差异。有些地区可能要求劳动者先将材料提交给公司，再由公司统一提交给劳动能力鉴定委员会。因此，劳动者在申请劳动能力鉴定前，应先了解当地的具体流程和要求。

法律建议

1. 保留证据：无论劳动者是自己提交材料还是由公司代为提交，都应保留好相关证据，如提交材料的清单、提交时间、提交方式等。这些证据在后续可能发生的争议中具有重要的证明作用。

2. 咨询专业人士：如果劳动者对劳动能力鉴定的流程或材料提交有疑问，可以咨询当地的劳动能力鉴定委员会或专业律师，以确保自己的权益得到保障。

3. 关注鉴定结果：劳动能力鉴定结果是劳动者享受工伤保险待遇的重要依据。劳动者应关注鉴定结果的出具时间，并在收到鉴定结果后及时与公司或工伤保险机构沟通，确保自己的权益得到及时兑现。

如果你在劳动能力鉴定过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。