当您遇到公司违法扣除年终奖的情况时，您完全有权进行申诉以维护自己的合法权益。以下是一个详细且有条理的申诉流程，供您参考：
一、初步准备与证据收集
收集证据：
- 劳动合同：确认其中关于年终奖的条款，这是您应得年终奖的法律依据。
- 工资条：显示您过往的工资及年终奖发放情况，作为应得年终奖的直接证据。
- 考勤记录：如果年终奖与考勤挂钩，提供完整的考勤记录以支持您的主张。
- 年终奖发放规定：如果公司有明确的年终奖发放规定或政策，收集并保存这些文件。
- 其他相关证据：如公司内部通知、邮件、聊天记录等，证明公司存在违法扣除年终奖的行为。
了解法律法规：
- 熟悉《劳动法》和《劳动合同法》中关于年终奖的相关规定，确保您的申诉有法律依据。
二、向劳动监察部门投诉
提交投诉：
- 携带上述收集的证据材料，前往当地人力资源和社会保障局的劳动监察大队。
- 您也可以通过其官方网站或电话等渠道提交投诉，但建议尽量亲自前往，以便更详细地说明情况。
等待处理：
- 劳动监察部门将依法进行调查，核实您提供的证据和公司的行为。
- 若查实用人单位存在违法行为，劳动监察部门将责令其限期改正，并可能处以罚款。
三、申请劳动仲裁（如投诉无果）
准备仲裁申请书：
- 明确申请人信息（即您本人）、被申请人信息（即公司）、仲裁请求（如要求公司支付被扣除的年终奖）及事实理由。
提交证据材料：
- 与投诉劳动监察部门时相同，提供能支持您仲裁请求的证据。
参加仲裁庭审：
- 仲裁委员会将安排庭审，您需要出庭陈述意见和举证。
- 确保您了解庭审流程，并准备好相应的陈述和证据。
等待裁决结果：
- 仲裁委员会将根据事实和法律作出裁决。
- 若裁决支持您的诉求，公司需履行支付义务。
四、提起诉讼（如对仲裁结果不满意或公司拒不履行）
准备起诉状：
- 向法院提交起诉状及相关证据材料，明确您的诉讼请求和事实理由。
法院审理：
- 法院将依法审理案件，您需要出庭参加庭审，并陈述意见和举证。
执行判决：
- 若判决支持您的诉求，公司需履行支付义务。
- 若公司拒不履行判决，您可以向法院申请强制执行。
五、注意事项
- 保持冷静与理性：在申诉过程中，保持冷静和理性，避免与公司发生不必要的冲突。
- 及时咨询专业人士：如果您对法律程序或证据收集有疑问，及时咨询律师或劳动法律专业人士的意见。
- 关注时效性：注意申诉的时效性，确保在规定的期限内提交投诉或申请仲裁。
希望以上流程能对您有所帮助。在维护自己合法权益的同时，也请保持合法合规的申诉方式。