公司违法扣除年终奖金，您可以通过以下途径维护自身合法权益：

1. 核查公司规章制度与劳动合同
   首先需确认公司扣除年终奖的行为是否违反了劳动合同约定或内部规章制度。若劳动合同中明确约定年终奖发放条件、金额或计算方式，而公司无正当理由单方扣除，则构成违约。若公司规章制度未经过民主程序制定或未向员工公示，其扣除年终奖的条款可能因程序瑕疵而不具备法律效力。

2. 收集证据链
   保留劳动合同、工资条、年终奖发放通知、公司扣除奖金的书面通知等关键证据。若公司以“考核不达标”等理由扣除，需要求公司出具考核标准、考核结果及扣除依据的书面文件。若公司无法提供合法依据，则扣除行为缺乏合理性。

3. 与公司协商解决
   可先通过书面形式（如邮件、律师函）向公司提出异议，明确指出扣除行为违反的法律依据（如《劳动合同法》第三十条关于“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬”的规定），要求公司限期补发奖金。协商过程中注意保留沟通记录。

4. 申请劳动仲裁
   若协商无果，可向公司所在地的劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请。仲裁请求需明确要求公司支付被扣除的年终奖及可能产生的利息（按中国人民银行同期贷款利率计算）。仲裁时效为自知道或应当知道权利被侵害之日起一年内，需注意时效问题。

5. 诉讼途径
   若对仲裁结果不服，可在收到仲裁裁决书之日起15日内向人民法院提起诉讼。诉讼阶段可进一步主张公司违法扣除奖金导致的其他损失（如误工费、交通费等），但需提供相应证据。

特别提醒：若公司以“经营困难”等理由扣除年终奖，需区分“年终奖”与“绩效工资”的性质。若年终奖属于劳动合同约定的固定薪酬组成部分，公司不得随意扣除；若属于浮动性奖励，则需根据公司规章制度判断扣除是否合法。建议根据具体情况选择维权路径，必要时可携带证据材料向我进一步咨询。