企业扣押员工身份证的行为是明确不合法的。以下从多个角度为你详细分析：

法律层面

1. 《中华人民共和国劳动合同法》第九条：明确规定用人单位在招用劳动者时，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，也不得以任何名义向劳动者收取财物或要求其提供担保。这一规定旨在保护劳动者的个人权益和身份自由，防止用人单位利用扣押证件的方式对劳动者进行不合理的控制。
2. 《中华人民共和国居民身份证法》第十五条第三款：进一步强调，除了公安机关依法执行特定强制措施的情况外，任何组织或个人都无权扣押居民身份证。这体现了国家对公民身份证件保护的高度重视，以及维护公民合法权益的决心。

法律后果层面

如果企业违反上述法律规定，擅自扣押员工的身份证，将面临多重法律责任：

1. 劳动行政部门处罚：劳动行政部门将责令企业限期退还身份证，并依据相关法律规定给予处罚。
2. 公安机关处罚：公安机关也可能对企业给予警告，并处以二百元以下的罚款，若有违法所得，还将被没收。
3. 刑事责任：更为严重的是，如果企业的行为构成犯罪，还将依法追究刑事责任。
4. 赔偿责任：如果因企业扣押身份证的行为给员工造成了损害，企业还需承担相应的赔偿责任。这意味着，企业不仅要承担法律上的责任，还可能面临经济上的损失。

实际建议层面

1. 对于员工：应增强法律意识，了解自己的权利和义务。一旦遇到企业扣押身份证等违法行为，应及时向劳动行政部门或公安机关投诉，或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
2. 对于企业：在日常管理中应严格遵守相关法律法规，尊重和保护员工的合法权益。不要试图通过扣押身份证等方式来控制员工，这样的做法不仅违法，而且不利于企业的长期发展。

企业在日常运营中必须严格遵守相关法律法规，尊重和保护员工的合法权益。如果你还有其他关于劳动工伤（劳动仲裁）方面的问题，可以直接向我咨询。