结论：员工备用金收回时是否需要归还借条，需分情况讨论，具体如下：

1. 若备用金已通过财务流程冲抵或报销，且公司确认款项已结清
   此时借条的“债权凭证”功能已履行完毕，从法律和财务规范角度，公司应将借条归还员工或销毁。

   • 法律依据：根据《民法典》第六百七十五条，借款人返还借款后，出借人应返还借条或销毁副本，避免借条被重复使用引发纠纷。
     
   • 实务建议：公司可通过内部流程（如签字确认备用金结清、财务做账记录）证明款项已归还，同时归还借条以彻底终结双方权利义务关系。

2. 若备用金未结清，或公司怀疑员工存在挪用、虚报等违规行为
   公司有权暂不归还借条，并可依据借条作为证据，进一步核查资金去向或追究责任。

   • 法律依据：根据《会计法》第十四条，公司需保留与经济业务相关的原始凭证（如借条）以备审计；若涉及职务侵占等刑事犯罪，借条可作为报案材料提交公安机关。
     
   • 实务建议：公司应尽快启动内部调查，通过银行流水、报销单据等证据固定事实，再根据调查结果决定是否归还借条或采取法律措施。

3. 若借条遗失或损坏，但备用金已收回
   双方应签订书面确认文件（如《备用金结清声明》），明确“款项已结清且借条作废”，避免未来因借条遗失产生争议。

   • 法律依据：根据《民法典》第四百六十九条，书面形式包括合同书、信件、数据电文等，双方签字确认的声明具有法律效力。
     
   • 实务建议：声明中需载明员工姓名、备用金金额、结清日期、借条作废等关键信息，并由双方签字盖章。

总结：备用金收回后是否归还借条，核心取决于款项是否实际结清、公司内部管理规范及是否存在纠纷风险。建议公司完善备用金管理制度，明确借条的保管、归还或销毁流程，员工也可在归还备用金时主动要求公司出具结清证明，以保障双方权益。如有具体纠纷，可进一步向我咨询细节。