合作三个月后才签合作协议，这样的行为本身并不直接违法，但可能存在一些法律风险和需要注意的事项。以下从几个角度为你详细分析：
合同成立与生效的时间点：
- 合同的成立并不完全依赖于书面形式的签署。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人之间通过要约和承诺的方式达成合意，合同即成立。这意味着，即使双方在合作开始时没有签署书面协议，但只要双方已经实际履行了合作的主要义务，且对方接受，合同关系就已经成立。
- 书面合同的签署是对已经成立的合同关系的确认和固定，它有助于明确双方的权利和义务，减少纠纷的发生。因此，虽然合作三个月后才签协议不违法，但尽早签署书面合同是更为稳妥的做法。
未签书面合同可能带来的风险：
- 证据缺失：在没有书面合同的情况下，如果双方发生纠纷，可能难以证明各自的权利和义务，导致维权困难。
- 条款不明确：书面合同可以详细约定合作的具体条款，如合作期限、利润分配、违约责任等。没有书面合同，这些条款可能存在模糊或不明确的情况，增加合作的不确定性。
- 法律风险：在某些情况下，未签书面合同可能被视为双方对合作条款没有达成一致，从而影响合作的稳定性和合法性。例如，在涉及特定行业或需要特定资质的合作中，未签书面合同可能违反相关法律法规或行业规定。
建议与措施：
- 尽快签署书面合同：无论合作已经进行了多久，都建议双方尽快签署书面合作协议，以明确各自的权利和义务，减少纠纷的发生。
- 保留合作证据：在签署书面合同之前，双方应保留好合作过程中的相关证据，如邮件、短信、聊天记录、转账记录等，以备不时之需。
- 咨询专业律师：如果双方对合作条款存在争议或不确定如何签署书面合同，可以咨询专业律师的意见，以确保合同的合法性和有效性。
总结来说，合作三个月后才签合作协议并不直接违法，但为了避免潜在的法律风险和纠纷，建议双方尽快签署书面合同，并明确各自的权利和义务。如果你在合作过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。