让员工做深蹲，如果作为惩罚手段，那么这种行为属于体罚，是不合法且不合理的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律明确禁止体罚员工
《中华人民共和国劳动法》第九十六条：明确规定用人单位不得侮辱、体罚、殴打、非法搜查和拘禁劳动者。若用人单位违反此规定，将面临公安机关的处罚，包括拘留、罚款或警告；构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。
《中华人民共和国劳动合同法》第八十八条：同样规定用人单位不得侮辱、体罚、殴打、非法搜查或者拘禁劳动者。违反此规定的，用人单位将依法给予行政处罚；构成犯罪的，依法追究刑事责任；给劳动者造成损害的，还应当承担赔偿责任。
《中华人民共和国宪法》第三十八条：保护公民的人格尊严不受侵犯。体罚员工深蹲，无疑是对员工人格尊严的损害。
二、体罚员工深蹲的不合理性
侵犯员工权益：体罚行为侵犯了员工的身体权和健康权，即使未造成直接身体伤害，也构成了对员工身体的不当控制和人身权利的侵犯。
违背现代企业管理原则：现代企业管理强调科学合理的制度、人性化的管理方式以及有效的沟通。体罚作为一种原始、粗暴的管理手段，与现代企业管理原则背道而驰。
影响员工士气和工作效率：体罚行为会破坏员工与用人单位之间的信任关系，降低员工的工作积极性和士气，进而影响工作效率和团队凝聚力。
三、用人单位的义务与责任
建立合法规章制度：用人单位有义务建立和完善劳动规章制度，保障劳动者的劳动权利和履行劳动义务。这包括保护劳动者在提供劳动过程中的身体健康和人格尊严。
承担法律责任：若用人单位违反法律规定，体罚员工，将依法承担行政处罚、刑事责任以及民事赔偿责任。
四、劳动者的维权途径
向劳动监察机构举报：劳动者可以向当地劳动监察部门举报用人单位的违法行为，要求查处。
申请劳动仲裁：如无法通过协商解决，劳动者可以向劳动仲裁机构提起仲裁申请，裁决用人单位的违法行为。
提起诉讼：如对仲裁结果不满，劳动者可以在法定期限内向人民法院提起诉讼，要求用人单位承担相应的法律责任。
五、特殊情况说明
有些用人单位可能会以“基于管理目的”为由，试图为体罚行为辩护。然而，这种理由不能成立。对于员工的违规行为，用人单位应当通过合法、合理、公正的程序进行处理，如批评教育、警告、罚款或解除劳动合同等，而非采取体罚这种原始、粗暴的手段。
总结与建议：体罚员工深蹲是一种既不合理又违法的行为。作为用人单位，应严格遵守法律法规，尊重并保护员工的合法权益，通过合法、合理的方式管理员工。作为劳动者，也应了解自己的权利，并在权益受到侵害时积极寻求法律保护。如果您或您身边的人遇到了类似问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。