公司单方面扣除工资内补贴项，未通知员工也未经过员工同意，这一行为是不合法的。以下从法律条款和可能后果两个角度进行详细分析：
法律条款
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 条款内容：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 应用分析：公司单方面扣除工资内的补贴项，实际上构成了对劳动者工资的克扣，违反了该条款的规定。补贴作为工资的一部分，应当受到同样的保护，公司无权未经劳动者同意擅自扣除。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：
- 条款内容：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
- 应用分析：劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确规定了补贴的发放，那么公司单方面扣除补贴就违反了劳动合同的约定，也违反了该条款的规定。
《工资支付暂行规定》第十五条：
- 条款内容：用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
- 应用分析：该条款明确规定了用人单位不得克扣劳动者工资，并列举了可以代扣工资的几种情况。公司单方面扣除补贴并不属于这些情况之一，因此是违法的。
可能后果
劳动者有权要求公司补发被扣除的补贴：
- 劳动者可以向公司提出书面或口头的要求，要求公司补发被扣除的补贴。如果公司拒绝补发，劳动者可以进一步采取法律措施。
劳动者可以向劳动监察部门投诉：
- 劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉公司的违法行为。劳动监察部门有权对公司进行调查，并要求公司补发被扣除的补贴，甚至可能对公司进行罚款等处罚。
劳动者可以申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果公司拒绝补发补贴，且劳动监察部门的处理未能满足劳动者的要求，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，要求公司承担法律责任。
建议：
- 保留证据：劳动者应当保留好与工资、补贴相关的证据，如工资条、劳动合同、公司通知等，以便在需要时证明自己的权益。
- 及时沟通：如果公司单方面扣除补贴，劳动者应当及时与公司沟通，了解扣除的原因和依据，并表达自己的异议和要求。
- 寻求法律帮助：如果沟通无果，劳动者可以寻求法律帮助，咨询专业律师（如我）的意见，并考虑采取法律措施维护自己的权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。