核心结论：贷款未结清时贷款公司扣留绿本（机动车登记证书）的行为是否合法，需分情况讨论。若贷款合同明确约定结清前由贷款公司保管绿本，则其暂扣行为可能合法；若合同无约定或贷款公司存在违规操作，您可通过协商、投诉或诉讼解决。以下是具体分析：

1. 合同约定优先：贷款公司暂扣绿本可能合法

• 法律依据：根据《民法典》第667条，借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。若您与贷款公司签订的贷款合同中明确约定“贷款未结清前，机动车登记证书由贷款公司保管”，则该条款属于双方真实意思表示，不违反法律强制性规定，贷款公司暂扣绿本的行为具有合法性。
• 操作建议：此时您需优先履行还款义务，结清贷款后要求贷款公司返还绿本。若合同未约定保管期限或返还条件，您可要求贷款公司明确告知结清后返还绿本的具体流程和时间。

2. 合同无约定或贷款公司违规：您有权要求返还

• 常见违规情形：
  • 贷款公司未在合同中明确约定绿本保管条款，却强行扣留；
  • 贷款公司以“手续费”“保管费”等名义额外收取费用；
  • 贷款公司拒绝在您结清贷款后返还绿本。
• 维权路径：
  1. 协商解决：与贷款公司沟通，要求其出示合同依据或说明扣留理由。若对方无法提供合理依据，可要求立即返还绿本。
  2. 投诉举报：向当地银保监会（12378）或市场监管部门投诉，反映贷款公司违规扣留绿本的行为，要求监管部门介入调查。
  3. 诉讼维权：若协商和投诉无果，您可向法院起诉贷款公司，要求其返还绿本并赔偿因扣留导致的损失（如车辆无法过户、抵押等产生的直接经济损失）。

3. 特殊情形：绿本被抵押或质押

• 法律性质：若贷款合同中约定以绿本作为抵押物或质押物，则贷款公司有权在贷款未结清前保管绿本。但根据《民法典》第443条，以机动车登记证书等权利凭证出质的，质权自权利凭证交付时设立。此时您需确认贷款公司是否已依法办理抵押登记或质押登记。
• 操作建议：要求贷款公司出示抵押登记或质押登记证明。若未办理登记，则抵押或质押不生效，您有权要求返还绿本；若已办理登记，则需结清贷款后要求贷款公司配合办理注销登记并返还绿本。

温馨提示：贷款结清后，建议您要求贷款公司出具《贷款结清证明》，并共同到车管所办理绿本解押手续，确保车辆所有权完全恢复。若您在处理过程中遇到具体问题（如贷款公司拒绝配合、合同条款模糊等），可直接向我咨询，我会结合您的合同内容和实际情况提供进一步指导。