政府部门与公司之间原则上不允许存在挂靠关系，若存在此类情况，应立即终止并妥善处理后续事宜，同时需根据具体情况承担相应法律责任。以下从不同角度进行分析：
- 法律合规性角度
根据《行政许可法》《建筑法》《招标投标法》等法律法规，政府部门作为行政主体，其职能是依法行使行政管理职权，不得以任何形式参与市场经营活动或与企业形成利益关联。若所谓“挂靠”是指企业借用政府部门名义、资质或资源开展经营，或政府部门为企业背书、提供特殊便利，均涉嫌违法：
- 行政违法：政府部门可能违反《公务员法》中关于“不得经商办企业”的规定，或触犯《行政许可法》中关于“不得滥用行政权力排除、限制竞争”的条款；
- 刑事风险：若涉及权钱交易、利益输送，可能构成《刑法》中的“受贿罪”“滥用职权罪”或“单位行贿罪”等；
- 民事责任：若挂靠行为导致第三方损害，政府部门可能因“表见代理”或“过错参与”承担连带赔偿责任。
建议：立即终止挂靠关系，清理合作文件，避免继续产生法律风险；若已造成损失，需主动配合调查并赔偿受害方。
合同效力角度
若双方签订了“挂靠协议”或类似合同，此类合同通常因违反法律强制性规定（如《民法典》第153条“违背公序良俗的民事法律行为无效”）而被认定无效。合同无效后，双方需返还财产或折价补偿，有过错的一方需赔偿对方损失。
建议：对已签订的合同进行合法性审查，若确认无效，应协商处理财产返还和损失分担；若协商不成，可通过诉讼或仲裁解决，但需注意保留证据（如合同文本、资金往来记录等）。
实际操作角度
若“挂靠”实为政府部门下属企业（如国资公司）与民营企业合作，需区分两种情形：
- 合法合作：若符合《企业国有资产交易监督管理办法》等规定，通过公开招标、产权交易等合法程序开展合作，则受法律保护；
- 变相挂靠：若未履行法定程序，或以合作名义掩盖利益输送（如“明招暗定”、低价转让资产等），则可能被认定为违规操作，需承担行政处罚（如罚款、没收违法所得）甚至刑事责任。
建议：对合作模式进行合规审查，确保符合国资监管要求；若存在违规，需主动整改并报告上级部门。
- 风险防范角度
为避免类似问题，政府部门和企业均需建立合规机制：
- 政府部门：完善内部审批流程，禁止工作人员违规参与企业经营活动；加强对下属企业的监管，防止“影子公司”或“白手套”现象；
- 企业：拒绝任何形式的“挂靠”要求，避免因政府部门违规行为牵连自身；在合作前核查对方资质和权限，确保合作合法合规。
总结：政府部门与公司之间的挂靠关系因违法而无效，可能引发行政、民事甚至刑事责任。双方应立即终止合作，清理遗留问题，并通过合规审查防范未来风险。若涉及具体案件或复杂情形，可进一步向我咨询细节，我会结合证据和法律条款提供针对性建议。