结论：发放工资时备注“绩效工资”，在起诉时是否有效，这取决于多个因素，包括绩效工资的约定情况、实际发放情况以及相关证据等。下面我将从不同角度为你详细分析。

一、绩效工资的约定情况

1. 书面约定：如果员工与用人单位在劳动合同或相关规章制度中明确约定了绩效工资的发放标准、计算方式及发放条件等，那么备注“绩效工资”在起诉时通常会被视为双方对绩效工资的一种确认，具有一定的法律效力。此时，如果用人单位未按照约定发放绩效工资，员工有权依据约定提起诉讼，要求用人单位补发。

2. 口头约定或无约定：如果双方对绩效工资没有明确的书面约定，或者约定不明确，那么备注“绩效工资”在起诉时的效力就会相对较弱。此时，员工需要提供其他证据来证明绩效工资的存在及发放标准，如工资条、银行转账记录、同事证言等。如果证据不足，法院可能难以支持员工的诉求。

二、实际发放情况

1. 实际发放与约定一致：如果用人单位实际发放的绩效工资与双方约定的一致，那么备注“绩效工资”在起诉时通常不会引发争议。即使员工提起诉讼，法院也会根据实际发放情况来判决。

2. 实际发放与约定不一致：如果用人单位实际发放的绩效工资与双方约定不一致，或者未按照约定条件发放，那么备注“绩效工资”就可能成为员工提起诉讼的依据。此时，员工需要证明用人单位未按照约定发放绩效工资，并要求用人单位补发差额或按照约定条件发放。

三、相关证据

在起诉时，证据是至关重要的。除了劳动合同或相关规章制度中的书面约定外，员工还可以提供以下证据来支持自己的诉求：

1. 工资条：工资条是证明工资发放情况的重要证据。如果工资条上明确标注了“绩效工资”及其金额，那么这将为员工的诉求提供有力支持。

2. 银行转账记录：银行转账记录可以证明用人单位实际向员工支付了工资及绩效工资。员工可以通过查询银行转账记录来确认绩效工资的发放情况。

3. 同事证言：如果其他同事也收到了类似的绩效工资，并且能够提供证言证明这一点，那么这将为员工的诉求增加可信度。

4. 其他相关证据：如用人单位关于绩效工资的公告、通知、邮件等，也可以作为证明绩效工资存在及发放标准的证据。

四、法律建议

1. 保留证据：无论绩效工资是否有书面约定，员工都应保留好与绩效工资相关的所有证据，如工资条、银行转账记录、同事证言等。这些证据在起诉时将起到至关重要的作用。

2. 咨询律师：如果你对绩效工资的发放情况有疑问，或者认为用人单位未按照约定发放绩效工资，建议及时咨询专业律师。律师可以根据你的具体情况，为你提供专业的法律建议和诉讼策略。

3. 提起诉讼：如果经过协商和沟通后，用人单位仍然拒绝补发绩效工资或按照约定条件发放，那么你可以考虑提起诉讼来维护自己的合法权益。在提起诉讼前，请确保你已经收集了足够的证据来支持自己的诉求。