结论：工厂因员工和工友吵架而扣绩效是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、从公司规章制度的角度分析
规章制度合法性前提：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 这意味着，如果公司规章制度中明确规定了员工吵架属于违反劳动纪律的行为，并且规定了相应的处罚措施（如扣绩效），那么该规章制度在程序上是合法的，前提是它经过了民主程序制定，并且已经向劳动者公示或告知。
规章制度内容合理性：
- 即便规章制度程序合法，其内容也需合理。如果规章制度中对于吵架的处罚过于严苛，或者与吵架的严重程度不成比例，那么该条款可能因显失公平而被认定为无效。
- 例如，如果员工只是因工作分歧而发生轻微争执，并未造成严重影响，公司却直接扣除大量绩效，这种处罚可能被视为不合理。
二、从具体行为性质的角度分析
吵架是否构成严重违反规章制度：
- 如果吵架行为并未影响正常工作秩序，也未造成公司财产损失或名誉损害，那么将其视为严重违反规章制度并扣绩效可能缺乏合理性。
- 相反，如果吵架行为严重扰乱了工作秩序，甚至引发了肢体冲突或造成了其他严重后果，那么公司依据规章制度进行处罚（包括扣绩效）可能是合理的。
处罚与过错程度是否相当：
- 公司在对员工进行处罚时，应确保处罚与员工的过错程度相当。如果员工只是轻微吵架，并未造成严重后果，而公司却给予了严厉的处罚（如扣除大量绩效），那么这种处罚可能被视为不恰当。
三、法律建议
审查公司规章制度：
- 员工应首先审查公司的规章制度，了解其中关于吵架行为的规定以及相应的处罚措施。如果规章制度程序不合法或内容不合理，员工可以提出异议。
与公司沟通协商：
- 如果员工认为公司的处罚不恰当或不合理，可以与公司进行沟通协商，寻求解决方案。在协商过程中，员工可以提供相关证据（如吵架的录音、视频或证人证言）来支持自己的观点。
寻求法律援助：
- 如果沟通协商无果，员工可以寻求法律援助或向劳动争议调解仲裁机构申请调解仲裁。在申请调解仲裁时，员工需要提供相关证据来证明自己的权益受到了侵害。
总结：工厂因员工和工友吵架而扣绩效是否合法，需结合公司规章制度的合法性、合理性以及具体行为性质来判断。如果员工认为公司的处罚不恰当或不合理，可以通过沟通协商或寻求法律援助来维护自己的权益。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。