计算机软件著作权登记证书作为政府采购的评分标准，在符合一定条件下是合法的。以下从多个角度对此问题进行分析：
一、法律依据与合理性
著作权登记的法律意义：
- 根据《计算机软件保护条例》第七条，软件著作权人可以向国务院著作权行政管理部门认定的软件登记机构办理登记。软件登记机构发放的登记证明文件是登记事项的初步证明。
- 著作权登记证书作为软件著作权的初步证明，有助于确认软件的权属和原创性，为政府采购中评估供应商的技术实力和创新能力提供了参考依据。
政府采购的评分标准：
- 政府采购的评分标准通常包括价格、技术、服务等多个方面。在技术评分中，考虑供应商的技术实力、创新能力、知识产权情况等是合理的。
- 将计算机软件著作权登记证书作为技术评分的一项指标，可以激励供应商加大研发投入，提升技术创新能力，从而推动政府采购项目的质量和效益。
二、合法性的具体条件
与采购项目直接相关：
- 计算机软件著作权登记证书作为评分标准，必须与采购项目直接相关。例如，如果采购项目涉及软件开发或相关技术服务，那么供应商拥有相关软件的著作权登记证书可以视为其技术实力的一种体现。
- 如果采购项目与软件开发无关，那么将著作权登记证书作为评分标准可能缺乏合理性。
不违反公平竞争原则：
- 评分标准的设置应确保所有供应商在同等条件下公平竞争。如果将著作权登记证书作为评分标准，应确保所有供应商都有机会获得该证书，或者该证书不是参与竞争的必要条件。
- 如果著作权登记证书成为某些供应商的独家优势，导致其他供应商无法公平竞争，那么这种评分标准可能违反公平竞争原则。
符合政府采购法规：
- 政府采购活动应遵守相关法律法规，包括《中华人民共和国政府采购法》等。评分标准的设置应符合这些法规的规定，不得设置不合理的条件或歧视性条款。
三、实际操作中的建议
明确评分标准：
- 在政府采购文件中，应明确说明计算机软件著作权登记证书作为评分标准的依据、权重和评分方法，确保供应商清楚了解评分规则。
加强审核与监督：
- 采购人应加强对供应商提交的著作权登记证书的审核，确保其真实性和有效性。同时，应接受相关部门的监督，确保评分过程的公正性和透明性。
考虑其他因素：
- 除了著作权登记证书外，采购人还可以考虑供应商的其他技术实力指标，如专利数量、研发团队实力、项目经验等，以更全面地评估供应商的技术能力。
总结来说，计算机软件著作权登记证书作为政府采购的评分标准，在符合与采购项目直接相关、不违反公平竞争原则、符合政府采购法规等条件下是合法的。在实际操作中，采购人应明确评分标准、加强审核与监督，并考虑其他因素以全面评估供应商的技术能力。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。