合作协议已签两年，是否还能起诉，这主要取决于协议中约定的诉讼时效以及是否已过该时效。以下从几个关键角度为你详细分析：

1. 诉讼时效的基本规定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，一般的民事纠纷诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。这意味着，如果合作协议中约定的权利受到损害，且你自知道或应当知道之日起未超过三年，那么你仍然有权向法院提起诉讼。

2. 合作协议中的特殊约定：

   • 如果合作协议中明确约定了更短的诉讼时效期间（但不得少于一年，因为这是法律规定的最低限度），那么你需要遵守这一约定。如果已超过该约定的时效期间，那么你可能将失去通过法律途径维护自己权益的机会。
   • 反之，如果协议中约定的诉讼时效期间长于三年，或者没有明确约定，那么你仍然可以按照法律规定的三年诉讼时效期间来行使权利。

3. 诉讼时效的中断与中止：

   • 在诉讼时效期间内，如果发生了一些特定事件（如你向对方提出履行请求、对方同意履行义务、你提起诉讼或申请仲裁等），可能会导致诉讼时效的中断。中断后，诉讼时效期间将重新计算。
   • 另外，如果因不可抗力或其他障碍导致你不能行使请求权，诉讼时效可能会中止。中止的原因消除后，诉讼时效期间将继续计算。

4. 实际操作建议：

   • 审查协议：首先，仔细审查合作协议中的相关条款，特别是关于诉讼时效的约定。
   • 收集证据：如果决定提起诉讼，务必收集并保存好所有与协议履行、权利受损相关的证据。
   • 及时行动：如果发现自己的权利可能受到损害，且诉讼时效即将届满，建议尽快咨询专业律师并考虑提起诉讼，以免错过时机。

举例说明：假设合作协议中约定，如果一方违约，另一方应在违约发生后一年内提起诉讼。如果违约发生在两年前，但你在这一年内并未提起诉讼，且没有诉讼时效中断或中止的情形，那么你现在提起诉讼可能会面临诉讼时效已过的风险。然而，如果协议中没有这样的特殊约定，或者约定了更长的诉讼时效期间，或者存在诉讼时效中断或中止的情形，那么你仍然有可能通过法律途径维护自己的权益。

综上所述，合作协议已签两年是否还能起诉，取决于多种因素。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。