结论：别人以超出时效为由进行抗辩是否合法，取决于具体的诉讼时效期间以及该期间是否已经届满。若三年未超出法定诉讼时效期间，则抗辩不合法；若已超出，则抗辩合法。以下为详细分析：

一、诉讼时效的基本概念

诉讼时效是指民事权利受到侵害的权利人在法定的时效期间内不行使权利，当时效期间届满时，债务人获得诉讼时效抗辩权。在股份转让和出资纠纷的语境下，如果股东未履行或未全面履行出资义务，其他股东或公司有权在一定期限内提起诉讼要求其履行出资义务。这个期限就是诉讼时效期间。

二、诉讼时效期间的确定

1. 一般规定：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这意味着，如果股东未履行出资义务，其他股东或公司应在知道或应当知道权利受到侵害之日起三年内提起诉讼。
2. 特殊规定：在某些特定情况下，诉讼时效期间可能有所不同。例如，如果涉及的是长期合同或持续性的侵权行为，诉讼时效的计算可能更为复杂。但在股份转让和出资纠纷中，通常适用的是三年的诉讼时效期间。

三、超出时效抗辩的合法性分析

1. 如果三年未超出诉讼时效期间：如果您在知道或应当知道股东未履行出资义务之日起三年内提起了诉讼，那么被告以超出时效为由进行抗辩是不合法的。因为此时诉讼时效期间尚未届满，您仍然享有请求法院保护其民事权利的权利。
2. 如果三年已超出诉讼时效期间：如果您在知道或应当知道股东未履行出资义务之日起三年后（且没有诉讼时效中断、中止等情形）才提起诉讼，那么被告以超出时效为由进行抗辩是合法的。因为此时诉讼时效期间已经届满，您丧失了请求法院保护其民事权利的权利（但被告自愿履行的除外）。

四、诉讼时效中断与中止的情形

在诉讼时效期间内，如果发生某些特定情形（如您向被告主张权利、被告同意履行义务等），可能会导致诉讼时效的中断或中止。这意味着诉讼时效期间会重新计算或暂停计算。因此，在判断被告以超出时效为由进行抗辩是否合法时，还需要考虑是否存在这些特定情形。

五、建议与注意事项

1. 及时行使权利：为了避免因诉讼时效期间届满而丧失请求法院保护民事权利的权利，建议您在知道或应当知道股东未履行出资义务之日起尽快提起诉讼。
2. 保留证据：在提起诉讼前，请务必保留好相关证据（如股份转让协议、出资证明、催告函等），以证明您已经及时行使了权利或存在诉讼时效中断、中止的情形。
3. 咨询专业律师：如果您对诉讼时效的计算或相关法律程序存在疑问，建议直接向我咨询。我可以根据您的具体情况提供更详细的法律建议和指导。

希望以上分析能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时向我提问。