可以同时进行，但需分情况讨论具体操作路径。劳动仲裁与公积金追缴分属不同法律程序，二者在法律性质、受理机构、处理方式上存在差异，但并不冲突。以下从法律关系、操作流程、注意事项三个维度展开分析：
一、法律关系层面：二者分属不同权利救济体系
- 劳动仲裁：解决的是《劳动法》《劳动合同法》调整的劳动关系争议，如拖欠工资、未签合同双倍工资、违法解除赔偿等。其核心是确认或主张劳动权益，由劳动争议仲裁委员会管辖。
- 公积金追缴：属于《住房公积金管理条例》调整的行政强制范畴，单位未依法缴存公积金的，职工可向住房公积金管理中心投诉，由公积金中心通过行政手段责令单位补缴。其本质是行政机关对单位违法行为的纠正，不涉及劳动关系争议。
结论：劳动仲裁针对的是“劳动权益争议”，公积金追缴针对的是“单位行政违法”，二者法律关系独立，可同时推进。
二、操作流程层面：需注意程序衔接与证据共用
同时启动的可行性
- 劳动仲裁：需向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动仲裁委提交仲裁申请书、证据材料（如劳动合同、工资流水等）。
- 公积金追缴：需向单位所在地的住房公积金管理中心提交投诉材料（如身份证、劳动合同、工资证明等），公积金中心会立案调查并作出处理决定。
关键点：二者受理机构不同，材料要求有重叠（如劳动合同、工资证明），可同步准备并提交，避免重复劳动。
程序衔接的注意事项
- 若劳动仲裁中涉及“工资基数争议”（如单位主张按基本工资缴公积金，职工主张按实发工资缴），需在仲裁阶段明确工资构成，因为公积金缴存基数以“上一年度月平均工资”为准，仲裁裁决的工资基数可直接作为公积金追缴的依据。
- 若公积金中心已作出补缴决定，但单位拒不执行，职工可凭公积金中心的《行政处理决定书》向法院申请强制执行，此时无需再通过劳动仲裁确认。
三、实务建议：根据争议焦点选择策略
优先启动公积金追缴的情形
- 单位明确拒绝缴存公积金，且无其他劳动争议（如工资、加班费等已结清），可直接向公积金中心投诉，效率更高（公积金中心需在60日内作出处理决定）。
- 若单位存在“未缴+少缴”公积金，且职工对少缴部分无争议（如认可单位按基本工资缴存），可单独投诉少缴部分，无需仲裁。
需同步启动劳动仲裁的情形
- 单位以“未缴公积金”为由违法解除劳动合同，或拖欠工资、加班费等与公积金争议相关联时，需通过劳动仲裁确认单位违法性（如解除违法需支付赔偿金），同时向公积金中心投诉补缴。
- 若单位主张“公积金已包含在工资中发放”，需通过劳动仲裁确认工资结构，再以此为依据向公积金中心主张补缴差额。
总结：劳动仲裁与公积金追缴可同时进行，但需根据争议焦点选择策略。若仅涉及公积金补缴，优先向公积金中心投诉；若涉及劳动关系争议（如违法解除、工资纠纷），需同步启动劳动仲裁，并注意仲裁裁决对公积金基数的认定作用。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据材料为您制定最优方案。