结论：公司在合法支付赔偿金后，员工拒绝离职构成违约行为。公司应通过沟通协商、书面通知、劳动调解及法律途径等步骤妥善处理，确保自身权益不受损害。同时，员工也应依法行使权利，避免不当行为带来的法律风险。以下从多个角度进行详细分析：
一、赔偿金的性质与支付情况
- 合法解除劳动合同的经济补偿金：若公司合法解除劳动合同并支付了经济补偿金，双方就离职事宜达成一致并支付了相应款项后，形成了解除劳动关系及经济补偿的协议。员工拒绝离职属于违约行为，应按约定履行离职手续。
- 违法解除劳动合同的赔偿金：若公司支付赔偿金意味着承认解除行为违法，员工可选择接受赔偿金并解除劳动关系，或要求恢复劳动关系。若员工接受赔偿金后不愿离职且未事先沟通恢复劳动关系的意图，其行为可能不合理。
- 赔偿金标准：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条，经济补偿的标准依据劳动者在单位工作年限确定，具体为每满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付半个月工资。对于月工资高于当地职工月平均工资三倍的，按三倍数额支付，最高不超过十二年。
二、公司的权利与义务
权利：
- 在员工拒绝离职时，公司有权采取沟通协商、书面通知、劳动调解及法律途径等措施维护自身权益。
- 公司有权要求员工按照约定履行离职义务，如办理工作交接、归还公司财物等。
义务：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条，公司在解除或终止劳动合同时，应出具相关证明，并在规定时间内办理档案和社会保险关系的转移手续，同时支付经济补偿。
- 公司应确保解除劳动合同的程序合法，避免违法解除带来的法律风险。
三、员工的权利与义务
权利：
- 劳动者在解除或终止劳动合同时，有权获得经济补偿。
- 员工有权就解除劳动合同的合法性、经济补偿的合理性等问题与公司进行协商或申请劳动仲裁。
义务：
- 员工在公司提出解除劳动关系并给予合理赔偿后，应按时离职。
- 如无正当理由拒绝离职，员工可能构成对公司正常运营秩序的干扰，并面临一定的法律风险。
四、公司应对措施
沟通协商：
- 首先与员工友好沟通，了解其不愿意离开的具体原因。
- 尝试通过协商解决问题，如提供更好的工作条件或发展机会，以促使员工自愿离职。
书面通知：
- 若沟通无效，向员工发送书面通知，强调双方的约定以及离职的期限和要求。
- 告知员工不配合的不利后果，如可能面临的法律责任、职业声誉影响等。
劳动调解：
- 如员工仍然拒绝离职，可向当地的劳动争议调解组织申请调解。
- 通过第三方介入协调矛盾，寻求双方都能接受的解决方案。
法律途径：
- 若调解不成，公司可向劳动争议仲裁机构申请仲裁，要求员工按照约定履行离职义务。
- 在此过程中，需提供充分的证据支持公司的主张，如劳动合同、解除劳动合同的通知、赔偿金支付凭证等。
五、员工可能面临的风险
公司处理：
- 员工无正当理由拒绝离职时，公司有权按照规章制度进行处理，如扣除相应的工资、奖金等。
- 公司还有权要求员工赔偿因拒绝离职给公司造成的损失。
职业声誉影响：
- 在后续的就业中，新雇主背景调查时发现员工存在不诚信、不配合原公司离职流程的情况，可能会对其职业声誉产生负面影响。
法律责任：
- 如员工的行为构成对公司正常运营秩序的严重干扰，还可能面临法律责任追究，如被要求返还补偿金、赔偿公司损失等。
建议：公司在处理此类问题时，应确保所有操作合法合规，避免违法解除劳动合同或侵犯员工合法权益。同时，员工也应依法行使自己的权利，避免采取不当行为带来不必要的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。