当公司依法解除与员工的劳务合同，但员工拒绝离开或拒绝办理离职手续时，公司可以采取以下一系列措施来妥善处理这一问题，以确保自身运营秩序和合法权益不受影响：
一、确保解除劳动合同的合法性
首先，公司必须确保解除劳动合同的行为完全符合《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定。这包括但不限于员工存在严重违反规章制度、严重失职、被依法追究刑事责任等法定解除情形。在解除劳动合同时，公司必须向员工出具解除劳动合同证明书，明确解除的原因、日期以及应办理的离职手续。
二、积极沟通协商
口头沟通：安排与员工进行面谈，详细解释解除劳动合同的法律依据和合理性，提供相关证据材料，并明确告知员工最后工作日及需办理的离职手续，包括工作交接、财物归还等。
书面通知：若口头沟通无果，公司应以书面形式发送正式的解除劳动合同通知书，明确解除原因、生效日期及离职手续，并要求员工签收。如员工拒绝签收，可通过EMS或电子邮件等方式送达，并保留好寄送凭证。在通知书中，还应告知员工对解除决定有异议时的合法救济途径，如申请仲裁或提起诉讼。
三、采取必要措施限制员工权限
根据公司规定，及时限制员工的工作权限，如收回门禁卡、工作账号密码等，以防止员工对公司业务和信息造成损害。这一步骤有助于维护公司的正常运营秩序。
四、考虑报警处理
若员工持续滞留公司，干扰正常运营秩序，构成侵权或违反治安管理规定，公司可以选择报警。警方介入后，会根据实际情况进行调解或采取必要的法律措施，以确保公司秩序。
五、寻求第三方协助调解
工会代表：邀请工会代表介入调解，从维护员工权益和企业和谐稳定的角度出发，协助双方沟通，寻求双方都能接受的解决方案。
劳动监察部门：劳动监察部门具有监督企业劳动用工行为合法性的职责。公司可以向劳动监察部门反映情况，请求其介入调解或监督处理，以推动问题的合理解决。
六、依法依规处理后续事宜
视为自动离职或单方解除劳动关系：若员工无正当理由拒绝办理离职手续，且经过多次催告仍不履行，公司可以在保留好相关证据的前提下，视其为自动离职或依据《劳动合同法》的相关规定单方解除劳动关系。但需注意，这一做法需符合当地法律法规和企业规章制度的规定。
办理减员手续：无论员工是否配合办理离职手续，公司都应及时为其办理社会保险和住房公积金的减员手续，以避免不必要的费用支出和法律风险。
保留追责权利：对于因员工拒绝办理离职手续而给公司造成的损失，公司应保留追究其法律责任的权利。必要时，可以通过法律途径维护自身合法权益。
七、完善内部管理制度
为预防类似问题的再次发生，公司应完善内部管理制度，包括优化离职流程、加强员工培训、建立预警机制等。通过简化离职手续、提高办理效率、增强员工的法律意识和责任感以及及时发现并化解潜在的矛盾纠纷，可以有效减少员工拒绝离职的情况发生。
综上所述，公司在处理员工拒绝离开的问题时，应确保自身行为的合法性，通过沟通协商、书面通知、限制权限、报警处理及法律手段等步骤来妥善处理，以维护公司的正常运营秩序和合法权益。