农民工工资由个体户发放的情况通常出现在个体户直接雇佣农民工的场景中，这主要基于以下原因：

1. 雇佣关系的直接性
   当农民工受雇于个体户（如小包工头、个体建筑商、家庭作坊经营者等）时，双方形成直接的劳务合同关系。根据《保障农民工工资支付条例》及《劳动合同法》，雇主（即个体户）有义务直接向劳动者支付工资。这种模式下，工资发放主体与用工主体一致，符合“谁用工、谁负责”的原则。

2. 法律义务的明确性
   个体户作为用人单位，需承担工资支付的主体责任。若个体户通过其他主体（如总承包单位、劳务公司）间接用工，则需通过书面协议明确工资代发义务，但最终责任仍可能追溯至个体户。例如，在建设工程领域，若个体户分包工程后拖欠工资，总承包单位可能需先行清偿，但个体户仍需承担最终责任。

3. 实践中的灵活性需求
   部分行业（如建筑、装修、农业临时用工）存在用工流动性大、周期短的特点，个体户直接发放工资可简化流程，避免多层转包导致的工资拖欠风险。例如，农村自建房施工中，房主（个体户）直接向泥瓦工支付日结工资，既高效又透明。

4. 监管与维权便利性
   直接发放工资便于农民工留存证据（如转账记录、收条），在发生纠纷时更易举证。若通过第三方发放，可能因主体混同导致维权困难。例如，若劳务公司未将工资足额支付给农民工，个体户作为实际用工方可能需承担连带责任。

需注意的风险点：

• 个体户若未按时足额支付工资，农民工可依据《劳动保障监察条例》向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁要求支付工资及赔偿金。
  
• 若个体户不具备用工主体资格（如未办理工商登记），则可能被认定为违法用工，需承担更严厉的法律后果（如加倍赔偿）。
  

建议：
若您作为个体户雇佣农民工，建议签订书面劳务合同，明确工资标准、支付方式及时间，并通过银行转账留存凭证，以降低法律风险。若您是农民工，务必保留工资发放记录，遇拖欠时及时维权。如有具体问题，可直接向我咨询。