入职第一个月有三天休假的情况下，工资计算需根据休假性质及公司制度综合判断，具体如下：

1. 若三天休假为法定节假日
   根据《劳动法》第四十四条，法定节假日用人单位应当依法支付工资。因此，这三天休假属于带薪休假，工资应按正常出勤标准全额计算，不影响当月工资总额。例如，员工月薪5000元，当月应出勤21天，实际出勤18天（含3天法定节假日），工资仍为5000元。

2. 若三天休假为带薪年休假或调休
   根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十一条，带薪年休假期间工资按正常工资标准支付。若公司安排调休（如周末加班后调休），调休期间亦视为正常出勤。计算方式与法定节假日相同，即工资按全勤标准发放，不因休假扣减。

3. 若三天休假为无薪事假或病假

   • 事假：根据《劳动部关于贯彻执行〈劳动法〉若干问题的意见》第59条，事假期间用人单位可不支付工资。若当月出勤天数减少，工资按实际出勤天数折算。例如，月薪5000元，应出勤21天，实际出勤18天（含3天无薪事假），则工资为5000÷21×18≈4285.71元。
     
   • 病假：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，病假工资需按公司制度或地方规定支付（通常不低于当地最低工资标准的80%）。若三天为病假，需根据具体比例计算扣减部分。

4. 若公司制度或劳动合同另有约定
   若公司规章制度或劳动合同中明确规定了休假工资计算方式（如“试用期休假无薪”等），需优先适用约定条款。但需注意，此类约定不得违反法律强制性规定（如法定节假日必须带薪）。

建议行动：

• 核对劳动合同、公司规章制度中关于休假及工资的条款；
  
• 确认休假性质（可通过HR或直属领导确认）；
  
• 若发现公司违法扣减工资（如法定节假日未支付工资），可依据《劳动争议调解仲裁法》申请劳动仲裁。
  

如有其他细节需进一步分析（如具体休假类型、公司制度内容），可随时补充说明，我会为您详细解答。