结论：房屋买卖合同确定的内容被开发商用格式补充协议全面否定，这种合同（补充协议）是否有效，需根据具体情况判断，但若补充协议存在违法或显失公平等情形，则可能无效或部分无效。以下从多个角度进行分析：
一、补充协议的有效性条件
主体具备相应民事行为能力：
- 双方当事人（购房者和开发商）必须具备签订合同的民事行为能力，即均为完全民事行为能力人或合法成立的法人。
意思表示真实：
- 补充协议的内容必须是双方当事人在平等、自愿的基础上，通过充分协商达成的共识。若开发商利用格式条款全面否定原合同内容，且购房者未充分了解或未表示同意，则可能构成意思表示不真实。
内容不违反法律法规强制性规定和公序良俗：
- 补充协议中的条款不得违反国家法律、行政法规的强制性规定，也不得违背社会公德和公共利益。若开发商通过补充协议逃避法律责任、损害购房者权益，如免除自身违约责任、加重购房者责任等，则可能违反法律法规或公序良俗。
符合合同生效的形式要件：
- 补充协议通常采用书面形式，并由双方当事人签字或盖章确认。若开发商未按照法定形式或程序与购房者签订补充协议，则可能影响其效力。
二、补充协议可能无效的情形
格式条款无效：
- 根据《民法典》的相关规定，提供格式条款一方不合理地免除或者减轻其责任、加重对方责任、限制对方主要权利，或排除对方主要权利的，该格式条款无效。若开发商利用格式补充协议全面否定原合同内容，且这些条款对购房者明显不公平，则可能构成无效格式条款。
欺诈、胁迫或重大误解：
- 若开发商在签订补充协议时存在欺诈、胁迫或购房者存在重大误解等情形，导致购房者违背真实意愿签订补充协议，则购房者有权请求人民法院或仲裁机构撤销该补充协议。
违反法律法规强制性规定：
- 若补充协议的内容违反了国家法律、行政法规的强制性规定，如约定交易违法建筑、逃避税收等，则该补充协议无效。
三、购房者的应对策略
审查补充协议内容：
- 购房者在签订补充协议前，应仔细审查其内容，确保与原合同一致或符合自身利益。若发现补充协议全面否定原合同内容或存在不公平条款，应及时提出异议并拒绝签订。
保留证据：
- 购房者在签订补充协议过程中，应保留好相关证据，如沟通记录、邮件、短信等，以备在发生纠纷时证明自己的主张。
寻求法律帮助：
- 若购房者对补充协议的效力存在疑问或已因此产生纠纷，应及时向我咨询，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结与建议：房屋买卖合同确定的内容被开发商用格式补充协议全面否定，这种合同（补充协议）的效力需根据具体情况判断。购房者在签订补充协议前应仔细审查其内容，确保符合自身利益；若发现不公平条款或存在疑问，应及时提出异议并拒绝签订；若已因此产生纠纷，应及时寻求法律帮助。