购房合同的补充协议不被认定为格式条款。以下是对此结论的详细解释：

1. 格式条款的定义与特征：

   • 格式条款是当事人为了重复使用而预先拟定，并在订立合同时未与对方协商的条款。
   • 格式条款具有预先拟定性、未与对方协商性，以及准备重复适用于不特定多数对象的特征。

2. 补充协议的性质分析：

   • 补充协议是在合同生效后，针对原合同中未约定或约定不明确的内容，由双方当事人根据具体情况，经过充分协商后达成的。
   • 补充协议具有针对性和特定性，它体现了双方真实的协商结果和共同意志，是双方当事人在合同履行过程中根据实际情况作出的调整和优化。
   • 因此，补充协议不符合格式条款的普遍性和通用性特征。

3. 法律依据：

   • 根据《民法典》第四百九十六条，格式条款是当事人为了重复使用而预先拟定，并在订立合同时未与对方协商的条款。而补充协议并非为了重复使用而预先拟定，而是在合同生效后根据具体情况协商达成的。
   • 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉合同编通则若干问题的解释》第九条也明确了格式条款的认定标准，即合同条款符合民法典第四百九十六条第一款规定的情形，才可能被认定为格式条款。而补充协议并不符合这一标准。

综上所述，购房合同的补充协议不被认定为格式条款，因为它是根据双方当事人的具体需求和协商结果达成的个性化协议，具有针对性和特定性。在实际应用中，当事人应确保补充协议的签订符合法律法规的要求，以维护自身的合法权益。如有任何关于购房合同或补充协议的法律问题，欢迎直接向我咨询。