结论：在事业单位中，即使三年合同期满，若服务期是五年，劳动者仍然可以辞职，但可能需要承担相应的违约责任，具体需根据合同条款、法律法规以及实际情况综合判断。
一、法律法规基础
《中华人民共和国劳动合同法》：
- 该法赋予了劳动者解除劳动合同的权利。一般情况下，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，或在试用期内提前三日通知，即可解除劳动合同。
- 但对于存在服务期约定的特殊情况，如用人单位为劳动者提供了专项培训费用并进行了专业技术培训，劳动者违反服务期约定时，需按约定支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
《中华人民共和国劳动合同法实施条例》：
- 劳动合同期满，但是用人单位与劳动者依照劳动合同法第二十二条的规定约定的服务期尚未到期的，劳动合同应当续延至服务期满；双方另有约定的，从其约定。这意味着，即使合同期满，服务期未满时，劳动合同仍需继续履行至服务期满，除非双方另有约定。
事业单位相关规定：
- 事业单位招聘时明确的服务期协议同样具有法律约束力。事业单位工作人员在服务期内辞职时，需遵循协议中的规定，并可能需承担违约责任。
二、合同或协议约定
- 服务期协议：事业单位与劳动者签订的服务期协议是辞职的重要依据。协议中通常详细规定了服务期内辞职的条件、程序及违约责任。劳动者在辞职前应仔细研读服务期协议，明确自己的权利和义务。
- 违约金条款：若服务期协议中约定了违约金条款，劳动者在辞职时需按照协议约定支付违约金。违约金的数额应合理，且不得超过法定限制。
三、辞职程序与注意事项
研究合同与法规：
- 决定辞职前，劳动者应仔细研读劳动合同、服务期协议及相关法律法规，明确自己的权利和义务。
书面提出辞职申请：
- 劳动者应以书面形式向单位提出辞职申请，说明辞职原因和意愿，并按照单位要求的流程办理相关手续。在辞职申请中，可以明确表达自己愿意承担因辞职而产生的法律责任（如支付违约金）。
配合工作交接与财务清算：
- 在辞职过程中，劳动者应积极配合单位完成工作交接、财务清算等环节，确保辞职手续的顺利完成。
承担法律责任：
- 根据合同约定及法律法规，劳动者需承担因辞职而产生的法律责任，如支付违约金、赔偿损失等。在支付违约金时，应确保违约金的数额合理且符合法定限制。
四、特殊情况分析
单位违约在先：
- 若单位存在未按照合同约定提供劳动保护、劳动条件或未及时足额支付劳动报酬等违约行为，劳动者可依法提出辞职，并可能无需承担违约责任。
协商减少违约金：
- 劳动者可以尝试与单位协商减少违约金或通过其他方式弥补损失（如推荐替代人选），以降低辞职成本。
五、总结与建议
在事业单位中，即使三年合同期满，若服务期是五年，劳动者仍然可以辞职，但需承担相应的违约责任。劳动者在辞职前应充分了解自己的权利和义务，谨慎做出决定，并严格按照法律法规及合同约定操作。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。