若合同中明确约定按工程量清单计价，但对方要求按国家定额标准鉴定，可按以下思路处理：

1. 审查合同条款
   首先需核查施工合同中关于计价方式的约定。若合同明确约定采用工程量清单计价（如《建设工程工程量清单计价规范》GB50500-2013），且未约定“以定额标准作为补充或变更依据”，则对方单方要求按定额标准鉴定缺乏合同依据。此时应坚持按合同约定的清单计价规则进行结算，并可主张对方违约责任。

2. 分析定额标准的适用性
   国家定额标准（如《建设工程消耗量定额》）通常作为政府指导性文件，适用于未约定计价方式或约定不明的情形。若合同已明确排除定额标准，则鉴定机构无权主动适用。但需注意：

   • 若合同约定“以定额为参考”或“定额作为争议解决依据”，则可能需结合定额调整；
     
   • 若工程量清单存在漏项、项目特征描述不清等缺陷，可能引发定额补充适用的争议，此时需结合合同解释规则（如整体解释、目的解释）确定双方真实意思。

3. 应对鉴定程序的策略
   若对方已启动鉴定程序，可采取以下措施：

   • 书面异议：向鉴定机构提交《计价方式异议书》，明确合同约定优先性，要求排除定额标准适用；
     
   • 专家辅助人：委托造价工程师作为专家辅助人参与鉴定，从专业角度反驳定额适用的合理性；
     
   • 司法审查：若鉴定报告违反合同约定或法定程序，可在诉讼中申请重新鉴定或要求法院不予采信。

4. 风险防范建议
   为避免后续争议，建议：

   • 在合同中明确约定“计价方式以工程量清单为准，定额标准不作为结算依据”；
     
   • 签订补充协议时，对清单漏项、变更项目的计价规则作出细化约定；
     
   • 施工过程中留存签证单、会议纪要等证据，证明双方实际履行行为与合同约定一致。

若合同未明确约定计价方式，则需结合行业惯例与公平原则处理：
此时可主张按工程量清单计价（若已实际履行）或协商确定定额标准适用范围，但需避免单方强制适用导致显失公平。具体可进一步结合项目性质、交易习惯等综合判断。

如需进一步分析合同条款或制定应对方案，可直接提供合同文本及争议背景，我将结合具体条款设计法律策略。