鉴定结论清包工按定额做出造价并不直接等同于程序违法。具体分析如下：
在建设工程领域，清包工通常指的是承包人仅提供劳务而不负责材料供应的承包方式。定额则是指在一定的生产技术条件下，为完成某项工程或产品所规定的必要劳动量或材料消耗量的标准。鉴定结论中按照定额来做出清包工的造价，是一种常见的造价计算方法，其本身并不构成程序违法。
然而，是否构成程序违法，还需要考虑以下几个因素：
鉴定程序的合规性：鉴定过程必须遵循相关法律法规和行业标准，确保程序的公正、公平和公开。如果鉴定程序存在违规操作，如未经法定程序选定鉴定机构、鉴定人员不具备相应资质等，那么即使按照定额做出造价，也可能被视为程序违法。
定额的适用性：定额的选用应当符合工程实际情况，不能盲目套用。如果鉴定结论中选用的定额与工程实际不符，或者定额已经过时、被废止，那么该鉴定结论可能因缺乏合理性而被质疑。
合同约定的造价方式：如果合同中明确约定了造价的计算方式，且该方式不违反法律法规和行业标准，那么鉴定结论应当按照合同约定的方式进行。如果鉴定结论违背了合同约定的造价方式，那么可能构成违约，进而可能被视为程序违法。
综上所述，鉴定结论清包工按定额做出造价并不直接等同于程序违法，而是需要综合考虑鉴定程序的合规性、定额的适用性以及合同约定的造价方式等多个因素。如果您在建设工程合同纠纷中遇到相关问题，欢迎随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律分析和建议。