结论：买卖合同中约定“超过合同约定面积的3%据实结算”这一条款，在一般情况下是合法的，但具体合法性还需结合合同整体内容、交易习惯以及相关法律法规进行综合判断。
分析说明：
合同自由原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，有权自由约定合同内容。因此，如果买卖合同中的这一条款是双方真实意思的表示，且没有违反上述原则，那么该条款在法律上是有效的。
条款的合理性：
- “超过合同约定面积的3%据实结算”这一条款，实际上是对合同履行过程中可能出现的一种特殊情况（即实际交付的货物面积超过合同约定面积）的处理方式。这种约定在一定程度上可以平衡买卖双方的风险和利益，避免因为面积差异而产生的纠纷。
- 然而，该条款的合理性也取决于具体的交易情况和合同内容。例如，如果合同中约定的面积与实际交付的面积差异过大，或者该条款对一方当事人明显不公平，那么该条款可能会被认定为显失公平或无效。
相关法律法规的考量：
- 在判断该条款的合法性时，还需要考虑相关法律法规的规定。例如，如果买卖的货物属于特定种类（如商品房），那么可能需要遵守特定的法律法规（如《商品房销售管理办法》），这些法律法规可能对面积差异的处理有特别规定。
- 如果相关法律法规对面积差异的处理有明确规定，且该规定与合同中的条款相冲突，那么应当以法律法规的规定为准。
特殊场景：
- 在商品房买卖中，如果合同中约定的面积与实际交付的面积存在差异，且差异超过一定比例（如3%），那么根据相关法律法规的规定，买受人可能有权选择退房或者要求出卖人承担相应的违约责任。在这种情况下，即使合同中有“超过合同约定面积的3%据实结算”的条款，也可能因为违反法律法规的强制性规定而无效。
行动建议：
- 审查合同内容：在签订买卖合同时，应仔细审查合同中的所有条款，特别是关于面积差异处理的条款，确保条款的合法性和合理性。
- 了解相关法律法规：在签订合同前，应了解相关法律法规对面积差异处理的规定，以避免因违反法律法规而产生的纠纷。
- 协商修改条款：如果认为合同中的条款存在不公平或不合理之处，可以与对方协商修改条款，以达成更加公平合理的合同。
法律后果：
- 如果合同中的条款被认定为合法有效，那么双方当事人应当按照条款的约定履行合同义务。如果一方违反条款约定，另一方有权要求其承担相应的违约责任。
- 如果合同中的条款被认定为无效或显失公平，那么该条款将不被执行，双方当事人可能需要重新协商或通过法律途径解决纠纷。
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