劳动者通过中介进厂后自离，仍然有权获得其工作期间的工资。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律规定
《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款明确了劳动者获得劳动报酬的基本权利，无论离职原因如何，用人单位都应当支付劳动者应得的工资。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。这一条款进一步强调了用人单位支付工资的义务，并提供了劳动者维护自己权益的法律途径。
二、实际情况分析
自离不影响工资支付：劳动者自离，即未经用人单位同意擅自离职，虽然可能违反了劳动合同或用人单位的规章制度，但这并不影响劳动者获得其工作期间的工资。用人单位不能以劳动者自离为由克扣或拒发工资。
损失赔偿与工资支付的区别：如果劳动者自离确实给用人单位造成了实际经济损失，如工作交接中断、业务受损等，用人单位有权要求劳动者赔偿损失。但这种赔偿必须基于合理的证据和明确的损失计算，且不能直接从工资中随意扣除。用人单位应当通过合法的程序来主张赔偿，如与劳动者协商、申请劳动仲裁或提起诉讼等。
三、维权途径
友好协商：首先，劳动者应与中介（或用人单位）进行友好协商，要求其按规定支付工资。这是最直接、最快捷的解决方式。
向劳动监察部门投诉：若协商不成，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门会依法进行调查处理，并责令用人单位支付工资。
申请劳动仲裁或提起诉讼：劳动者还可以选择申请劳动仲裁或通过法律途径向法院提起诉讼，以维护自己获得劳动报酬的权利。根据相关法律规定，劳动者还可能获得加付的赔偿金。
申请支付令：劳动者还可以依法向当地人民法院申请支付令，作为快速实现债权的一种方式。
四、特殊情况说明
劳动合同或协议中的约定：如果劳动合同或协议中明确规定了自离工资支付的具体条款，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，则一般应认定为有效。但需要注意的是，过高的扣除比例（如超过当月工资的20%）可能被认定为无效。
中介的角色：在通过中介进厂的情况下，中介通常作为用人单位的代理人或介绍人。如果中介与用人单位之间有明确的协议或约定，关于工资支付的责任应由中介和用人单位根据协议或约定来承担。但无论如何，劳动者都有权获得其工作期间的工资。
总结与建议：
劳动者通过中介进厂后自离，仍然有权获得其工作期间的工资。如果遭遇拒付工资的情况，劳动者应首先与中介（或用人单位）进行友好协商；协商不成时，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；必要时，还可以通过法律途径向法院提起诉讼来维护自己的权益。如果还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。