关于员工主动离职后第二次入职的赔偿金年限计算问题，这确实是一个涉及多方面因素的复杂情况。下面，我将结合相关法律法规和实际操作经验，为您详细解答。
一、经济补偿金的一般计算标准
首先，我们需要明确经济补偿金的一般计算标准。根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条，经济补偿金是按照劳动者在本单位工作的年限来计算的，每满一年支付一个月工资的标准。如果工作六个月以上但不满一年，按一年计算；不满六个月的，则支付半个月工资的经济补偿。这里的“月工资”指的是劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
二、二次入职对赔偿金年限的影响
在二次入职的情况下，赔偿金年限的计算会受到多种因素的影响，特别是离职原因和是否已支付过经济补偿。
离职原因：
- 如果员工首次离职是出于个人原因（如主动辞职、寻求更好的职业发展机会等），并且二次入职时没有特殊约定或用人单位未承诺连续计算工作年限，那么赔偿金年限通常仅从第二次入职之日起计算。
- 如果员工首次离职是由于用人单位的原因（如违法解除劳动合同、未依法支付劳动报酬等），并且首次离职时未获得相应的经济补偿或赔偿，那么在二次入职后，如果符合支付补偿金的情形，可能会将第一次的工作年限合并计算。但这种情况需要具体分析，并且可能涉及法律争议。
是否已支付经济补偿：
- 如果员工首次离职时已经获得了经济补偿，那么在二次入职后计算经济补偿金时，通常从第二次入职之日起重新计算工作年限，此前的工作时间不计入。
- 如果员工首次离职时未获得经济补偿，并且二次入职后符合支付补偿金的情形，那么可能会将前后工作年限合并计算，但这同样需要具体分析并可能涉及法律争议。
三、特殊情况的处理
违法解除劳动合同的赔偿金：
- 如果用人单位违法解除与二次入职员工的劳动合同，需要按照经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。赔偿年限的计算方式与上述经济补偿的计算方式相同，但金额为经济补偿的两倍。
高收入劳动者的限制：
- 如果员工的月工资高于所在地政府公布的上年度职工月平均工资三倍，那么经济补偿标准将按月平均工资三倍的数额支付，并且最高不超过十二年。这一限制同样适用于二次入职的情况。
四、实际操作建议
明确离职原因和二次入职条件：
- 在处理二次入职时，双方应明确离职原因、二次入职的具体条件以及工作年限的计算方法，以避免后续争议。
保存相关证据：
- 员工应妥善保存劳动合同、工资支付记录、工作年限证明等相关证据，以便在争议发生时维护自己的合法权益。
咨询专业法律人士：
- 对于复杂的二次入职及赔偿年限计算问题，建议寻求专业法律人士的帮助。他们可以根据具体情况提供准确的法律意见和解决方案。
综上所述，员工主动离职后第二次入职的赔偿金年限计算是一个复杂而细致的过程。它需要考虑离职原因、是否已支付经济补偿以及是否存在特殊约定等多个因素。为了确保双方的权益得到妥善保障，建议在处理此类问题时遵循相关法律法规和政策规定，并咨询专业法律人士的意见。