非法经营主体的劳资纠纷，其处理部门需根据具体情况判断，但通常劳动监察部门会参与处理，不过最终可能需通过劳动仲裁或诉讼解决。以下是对此问题的详细分析：

1. 劳动监察部门的职责：

   • 劳动监察部门主要负责监督用人单位遵守劳动法律法规的情况，包括劳动合同的签订、履行，工资支付，工作时间和休息休假，社会保险缴纳等方面。
   • 对于非法经营主体（如未办理营业执照、无合法经营资质的单位或个人），如果其存在违反劳动法律法规的行为，如拖欠工资、未签订劳动合同等，劳动监察部门有权进行调查处理。

2. 非法经营主体的特殊性：

   • 非法经营主体由于未取得合法经营资质，其劳动关系可能更为复杂和隐蔽。
   • 在处理此类劳资纠纷时，劳动监察部门可能需要与其他部门（如市场监管部门、税务部门等）协同工作，以确认经营主体的合法性和经营状况。

3. 劳动仲裁和诉讼的途径：

   • 如果劳动监察部门在调查处理过程中发现纠纷较为复杂，或者涉及金额较大、争议激烈的情况，可能会建议或引导当事人通过劳动仲裁或诉讼途径解决。
   • 劳动仲裁是解决劳动争议的一种准司法程序，具有快捷、灵活的特点。如果对仲裁结果不服，当事人还可以向人民法院提起诉讼。

4. 实际操作中的考虑：

   • 在实际操作中，对于非法经营主体的劳资纠纷，劳动监察部门可能会根据具体情况采取不同的处理方式。例如，对于情节轻微、涉及金额较小的纠纷，可能会直接进行调解处理；对于情节严重、涉及金额较大的纠纷，则可能会移送至劳动仲裁机构或人民法院处理。
   • 此外，如果非法经营主体已经涉嫌犯罪（如非法经营罪、拒不支付劳动报酬罪等），劳动监察部门还可能会将案件移送至公安机关处理。

建议：

• 如果您遇到非法经营主体的劳资纠纷问题，建议首先向当地劳动监察部门投诉举报，提供相关证据和线索。
• 同时，您也可以咨询专业律师（如我，章坚律师，专注于劳动纠纷等领域），了解您的权益和可能的解决途径。
• 根据具体情况，您可能需要准备相关证据材料，如劳动合同、工资条、工作证等，以支持您的主张。

总之，非法经营主体的劳资纠纷处理需要综合考虑多种因素，包括经营主体的合法性、纠纷的性质和严重程度等。劳动监察部门是处理此类纠纷的重要部门之一，但最终解决途径可能需要根据具体情况选择劳动仲裁或诉讼。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。