结论前置：道路交通救助基金为伤者垫付后，约定由伤者归还是否允许和合法，需分情况讨论。一般情况下，救助基金的偿还主体是交通事故责任人，而非伤者本人，但若伤者自愿承担偿还责任，且该约定不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人利益，则该约定在法律上是允许的。不过，从实际操作和公平性角度考虑，这种约定并不常见，也非法律所倡导。
一、救助基金偿还的法定主体
交通事故责任人：
- 根据《机动车交通事故责任强制保险条例》第二十四条和《中华人民共和国道路交通安全法》第七十五条的规定，道路交通事故社会救助基金先行垫付后，其管理机构有权向交通事故责任人追偿。这意味着，在大多数情况下，偿还救助基金垫付费用的责任应由交通事故责任人承担。
车辆交强险保险公司：
- 在特定情况下，如肇事机动车未参加交强险或肇事后逃逸，若后续确定了肇事车辆及其交强险承保公司，则该保险公司在责任限额范围内需承担偿还责任。但这并不改变救助基金偿还的法定主体原则，只是在实际操作中，保险公司可能作为替代偿还方。
二、伤者自愿承担偿还责任的合法性
法律不禁止：
- 从法律层面讲，如果伤者自愿承担偿还救助基金垫付费用的责任，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人利益，那么这种约定在法律上是允许的。它属于民事主体之间的自愿行为，受法律保护。
实际操作中的考量：
- 然而，在实际操作中，这种约定并不常见。因为救助基金的设立初衷是为了保障交通事故受害者的及时救治，减轻其经济负担。如果要求伤者承担偿还责任，可能会违背这一初衷，增加伤者的经济压力。
- 此外，从公平性角度考虑，交通事故责任人应当承担因其过错行为导致的损害赔偿责任。如果让伤者承担偿还责任，可能会对伤者不公平，尤其是当伤者本身也是受害者时。
三、法律建议
明确偿还主体：
- 在处理道路交通事故时，应首先明确交通事故责任人，并由其承担偿还救助基金垫付费用的责任。这有助于保障救助基金的可持续性和公平性。
谨慎约定偿还责任：
- 如果伤者确实愿意承担偿还责任，并且这种约定在法律上是允许的，那么双方应签订书面协议，明确约定偿还金额、偿还方式等条款，以避免后续纠纷。
- 但在此之前，建议伤者充分了解自己的法律权利和义务，以及这种约定可能带来的法律后果和经济压力。
寻求法律帮助：
- 如果对救助基金的偿还问题存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。
总结：道路交通救助基金为伤者垫付后，约定由伤者归还在法律上是允许的，但需满足一定条件且非法律所倡导。在实际操作中，应优先考虑由交通事故责任人承担偿还责任，以保障救助基金的公平性和可持续性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。