结论：员工内退期间仅由单位缴纳社会保险而不再支付工资，是否合法需分情况讨论，关键在于内退协议是否符合法律规定及双方约定。具体分析如下：

1. 内退的合法性基础

根据《国有企业富余职工安置规定》（国务院令第111号）第九条，企业可对距法定退休年龄不足5年的职工实行内部退养（即内退），内退期间由企业发放生活费并缴纳社会保险。若企业与员工签订的内退协议符合这一规定（如年龄条件、程序合法），则内退本身合法。但需注意：

• 非国有企业：若企业非国企，法律未强制要求设置内退制度，但若双方通过协商一致签订内退协议（如约定内退期间仅缴社保、不发工资），且不违反《劳动合同法》中关于“不得低于最低工资标准”等强制性规定，则协议可能有效。
• 协议内容：内退协议需明确约定内退期间的生活费标准、社保缴纳方式等。若协议中未约定生活费，或约定“仅缴社保不发工资”但未取得员工书面同意，可能涉嫌违法。

2. 仅缴社保不发工资的合法性分析

• 合法情形：若内退协议明确约定“内退期间企业仅缴纳社保，不发放工资”，且员工签字确认，同时企业已按协议履行（如已支付内退前经济补偿或一次性结算费用），则可能被认定为合法。但需满足：
  • 协议不违反《劳动合同法》第二十六条（如不存在欺诈、胁迫、显失公平等情形）；
  • 内退期间员工未提供实际劳动，且企业未以“内退”名义变相辞退员工。
• 违法情形：若企业未与员工协商一致，单方面强制内退并停发工资，或内退协议未明确约定生活费标准，则可能构成违法：
  • 违反《劳动合同法》第三十条（用人单位需按时足额支付劳动报酬）；
  • 若内退实质为“变相裁员”，可能需支付经济补偿（参考《劳动合同法》第四十六条）。

3. 员工维权建议

若认为企业行为违法，可采取以下措施：

• 协商：与企业沟通，要求按协议或法律规定支付生活费；
• 投诉：向当地劳动监察大队举报企业未支付劳动报酬；
• 仲裁/诉讼：申请劳动仲裁，主张企业支付内退期间工资差额或违法解除赔偿（如内退被认定为变相辞退）。

总结：内退期间仅缴社保不发工资是否合法，需结合内退协议内容、企业性质及双方协商情况综合判断。建议员工仔细审查内退协议条款，必要时通过法律途径维护权益。如有具体协议或纠纷细节，可进一步向我咨询。