在工程合同未约定取费标准的情况下，取费问题可以通过以下方式处理：

1. 依据行业惯例或定额标准取费
   若合同未明确约定取费标准，可优先参照工程所在地的行业惯例或政府发布的工程计价定额（如《建设工程工程量清单计价规范》《各省市建筑安装工程费用定额》等）。例如，若当地定额规定某类工程的取费比例为直接费的15%，则可按此比例计算。
   法律依据：根据《民法典》第五百一十条，合同生效后，当事人就质量、价款等未约定或约定不明的，可协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或交易习惯确定。

2. 通过协商补充约定
   双方可就取费标准签订补充协议，明确具体计算方式（如固定费率、成本加酬金等）。补充协议需双方签字盖章，且内容不违反法律强制性规定。
   操作建议：协商时应结合工程实际成本、市场行情及风险分担原则，避免显失公平。例如，若工程因设计变更导致成本增加，可约定按实际成本加一定比例管理费取费。

3. 参考类似工程案例或第三方评估
   若协商无果，可委托工程造价咨询机构对工程费用进行评估，或参考同类工程的历史取费数据。评估报告需经双方认可，作为取费依据。
   风险提示：第三方评估费用可能由双方分担，需在评估前明确约定。

4. 通过诉讼或仲裁解决争议
   若仍无法达成一致，可依据合同中的争议解决条款（如仲裁条款或诉讼管辖约定）向法院起诉或申请仲裁。法院或仲裁机构可能根据以下因素裁决：

   • 工程实际投入成本（如人工、材料、机械费用）；
     
   • 行业平均利润率；
     
   • 双方过错程度（如是否因一方原因导致取费标准未约定）。
     典型案例：某法院曾判决，在合同未约定取费标准时，按工程实际成本加10%管理费及5%利润取费，兼顾了承包人合理收益与发包人成本控制需求。

总结建议：

1. 优先通过协商或补充协议明确取费标准，降低争议风险；
   
2. 若协商不成，及时委托第三方评估或启动争议解决程序；
   
3. 日常合同管理中，建议明确约定取费标准（如固定总价、综合单价或成本加酬金模式），并附详细费用构成清单，避免后续纠纷。
   

如有具体工程类型或合同条款细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供更精准的建议。