在抵押借款合同中，抵押物被申请人扣留后，管辖权的确定需分情况讨论，具体如下：

1. 若抵押物扣留行为涉及侵权纠纷
   当抵押物被非法扣留（如被申请人擅自占有、处置抵押物），抵押权人可基于《民法典》第235条主张返还原物请求权，或依据《民法典》第462条主张占有保护请求权。此时，管辖法院为侵权行为地（扣留行为发生地）或被告住所地法院（《民事诉讼法》第29条）。
   例如：若抵押物在A市被扣留，被申请人户籍在B市，则A市或B市法院均有管辖权。

2. 若抵押物扣留行为与合同纠纷相关
   若扣留行为源于合同履行争议（如借款人未按约还款，抵押权人依据合同约定扣留抵押物），则管辖法院应优先适用合同约定的管辖条款（《民事诉讼法》第35条）。若合同未约定或约定无效，则由被告住所地或合同履行地法院管辖（《民事诉讼法》第24条）。
   关键点：需审查合同中是否明确约定“争议解决方式”（如“由抵押权人所在地法院管辖”），若有则从约定；若无则按法定管辖处理。

3. 若扣留行为涉及实现担保物权特别程序
   若抵押权人申请拍卖、变卖抵押物以优先受偿（《民法典》第410条），则应向抵押财产所在地或抵押权登记地基层法院提出申请（《民事诉讼法》第204条）。此类程序属于非讼程序，不涉及传统意义上的“管辖权争议”，但需注意法院对抵押物实际控制情况的审查。

实务建议：

• 优先通过合同审查明确管辖依据，避免因约定不明导致程序拖延；
  
• 若扣留行为涉嫌刑事犯罪（如盗窃、抢劫抵押物），需及时向公安机关报案，此时刑事案件管辖与民事管辖相互独立；
  
• 管辖权确定后，需在起诉状或申请书中明确载明依据，避免被法院以“管辖错误”为由驳回。

如有进一步细节（如合同条款、扣留方式等），可随时补充说明，我会为您细化分析。