将已建好的农村自建房改为商铺是否合法，需视具体情况而定，主要取决于房屋用途变更是否符合相关法律法规及规划要求。以下从不同角度为你详细分析：

一、土地性质与规划要求

1. 宅基地性质：农村自建房通常建立在宅基地上，宅基地的主要用途是满足农民的居住需求。根据《土地管理法》等相关法律法规，宅基地的使用需严格遵循其规划用途，不得擅自改变土地用途。

2. 规划许可：若要将自建房改为商铺，首先需确认该房屋是否位于当地规划允许的商业用地范围内。如果房屋所在区域被规划为居住用地，那么将其改为商铺可能违反规划要求，属于违法行为。

二、房屋用途变更手续

1. 申请变更：即使房屋所在区域允许商业用途，也需向当地相关部门（如规划局、国土资源局等）申请房屋用途变更手续。这通常包括提交变更申请、提供相关证明材料（如土地使用权证、房屋所有权证等）、缴纳相关费用等。

2. 审批流程：相关部门会对申请进行审核，包括核实房屋现状、评估变更对周边环境的影响等。如果审核通过，会颁发相应的批准文件或许可证；如果审核不通过，则不得擅自改变房屋用途。

三、可能面临的法律后果

1. 行政处罚：如果未经批准擅自将自建房改为商铺，可能面临行政处罚，包括罚款、责令恢复原状等。

2. 合同纠纷：如果房屋用途变更涉及租赁合同等民事法律关系，还可能引发合同纠纷。例如，承租人可能以房屋用途变更违反合同约定为由要求解除合同或索赔。

3. 安全隐患：擅自改变房屋用途还可能带来安全隐患。例如，将居住用房改为商铺可能涉及电路改造、消防设施增设等问题，如果处理不当可能引发火灾等安全事故。

四、建议与措施

1. 咨询当地部门：在考虑将自建房改为商铺前，建议先咨询当地相关部门（如规划局、国土资源局、住建局等），了解房屋用途变更的具体要求和流程。

2. 完善手续：如果符合规划要求且决定变更房屋用途，务必按照相关规定完善手续，包括申请变更、缴纳费用、获得批准等。

3. 确保安全：在变更房屋用途过程中，要确保改造工程符合安全标准，避免引发安全事故。

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