关于小区商铺改建为农贸市场是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”能够回答，而是需要依据具体的法律法规、规划要求以及改建行为的实际情况来进行综合判断。以下是我从不同角度为您进行的分析：

一、法律法规角度

1. 规划许可：

   • 根据《城乡规划法》的相关规定，任何单位和个人进行建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程建设的，都必须依法取得建设工程规划许可证。因此，如果小区商铺改建为农贸市场涉及到建筑结构的改变或用途的变更，且该变更未在原规划许可范围内，那么改建行为可能涉嫌违法。
   • 您需要确认改建行为是否已经获得了相关部门的规划许可，包括是否符合城市总体规划、控制性详细规划等要求。

2. 土地使用性质：

   • 商铺和农贸市场的土地使用性质可能不同。如果原商铺的土地使用性质为商业用地，而农贸市场可能更偏向于公共设施用地或市场用地，那么改建行为可能涉及到土地使用性质的变更。
   • 土地使用性质的变更需要经过相关部门的批准，并办理相应的土地使用手续。未经批准擅自变更土地使用性质的，可能构成违法。

3. 消防安全：

   • 农贸市场作为人员密集场所，其消防安全要求较高。改建过程中需要确保消防设施的完善和安全出口的畅通。
   • 如果改建后的农贸市场不符合消防安全要求，可能面临消防部门的处罚，甚至被要求停业整顿。

二、实际操作角度

1. 业主同意：

   • 如果小区商铺属于业主共有部分或涉及业主的共同利益，那么改建行为可能需要经过业主大会的同意。
   • 未经业主同意擅自进行改建的，可能引发业主之间的纠纷，甚至面临法律诉讼。

2. 周边环境影响：

   • 农贸市场可能会产生噪音、异味等环境问题，对周边居民的生活造成影响。
   • 在改建前，需要进行环境影响评估，并采取相应的措施减少对周边环境的影响。如果未进行评估或未采取有效措施，可能面临环保部门的处罚。

三、建议与措施

1. 核实规划许可：

   • 在改建前，务必核实改建行为是否已经获得了相关部门的规划许可，并确认改建内容是否符合规划要求。

2. 办理土地使用手续：

   • 如果改建行为涉及到土地使用性质的变更，需要按照相关规定办理土地使用手续，确保土地使用的合法性。

3. 确保消防安全：

   • 在改建过程中，需要确保消防设施的完善和安全出口的畅通，符合消防安全要求。

4. 征求业主意见：

   • 如果改建行为涉及业主的共同利益，需要征求业主的意见，并经过业主大会的同意。

5. 进行环境影响评估：

   • 在改建前，进行环境影响评估，并采取相应的措施减少对周边环境的影响。

如果您对小区商铺改建为农贸市场的合法性存在疑问，或者遇到了相关的法律问题，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律意见和帮助。