用人单位与劳动者签订的协议显失公平，仲裁委员会裁决补足差额的法律依据主要来源于《中华人民共和国劳动合同法》及相关司法解释中关于劳动合同公平性的规定。以下从不同角度详细分析：
法律依据之《劳动合同法》
- 条款内容：根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十六条，下列劳动合同无效或者部分无效：…（二）用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的；…（三）违反法律、行政法规强制性规定的。虽然该条款并未直接提及“显失公平”，但显失公平的合同往往涉及用人单位免除自身责任或排除劳动者权利，从而可能被认定为无效或部分无效。
- 应用分析：在劳动仲裁中，如果劳动者能证明双方签订的协议存在显失公平的情况，如工资远低于行业平均水平、工作条件恶劣且未得到相应补偿等，仲裁委员会可能会依据此条款裁决用人单位补足差额或调整合同内容。
法律依据之司法解释与原则
- 公平原则：根据《中华人民共和国民法典》中的公平原则，民事主体在从事民事活动时，应当遵循公平原则，合理确定各方的权利和义务。这一原则同样适用于劳动合同领域。
- 显失公平的认定：在司法实践中，如果劳动合同中的条款明显偏向用人单位，导致劳动者权益受到严重损害，且这种损害与劳动者所提供的劳动不成比例，仲裁委员会或法院可能会认定该条款显失公平，并据此裁决用人单位进行相应补偿。
具体应用与案例
- 工资差额补足：例如，劳动者与用人单位签订的劳动合同中约定的工资远低于当地最低工资标准或行业平均水平，且劳动者能证明这一约定并非其真实意思表示（如受胁迫、欺诈等），仲裁委员会可能会裁决用人单位补足工资差额。
- 其他补偿：除了工资差额外，如果协议中的其他条款（如福利待遇、工作时间等）也显失公平，仲裁委员会同样可能裁决用人单位进行相应补偿或调整。
建议与注意事项
- 收集证据：劳动者在申请劳动仲裁前，应尽可能收集能够证明协议显失公平的证据，如工资条、行业平均水平数据、工作条件照片或视频等。
- 及时申请：一旦发现协议存在显失公平的情况，劳动者应及时向劳动仲裁委员会申请仲裁，以免超过仲裁时效。
- 专业咨询：在申请仲裁前或仲裁过程中，劳动者可以咨询专业律师，以更好地了解自己的权益和仲裁流程。
总结来说，用人单位与劳动者签订的协议显失公平时，仲裁委员会裁决补足差额的法律依据主要来源于《中华人民共和国劳动合同法》及相关司法解释中的公平原则和无效合同规定。劳动者在申请仲裁时，应充分收集证据并了解自己的权益和仲裁流程。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。