结论前置：协议辞职时，职工未休的年假应当进行折算，并由用人单位支付相应的未休年休假工资报酬。这一做法有明确的法律依据，下面我将从年假折算方法、工资报酬支付标准以及特殊情形说明三个角度为你详细阐述。

一、年假折算方法

根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十二条的规定，当用人单位与职工解除或者终止劳动合同时，若当年未安排职工休满应休年休假天数，需按照以下方法进行折算：

• 折算公式：（当年度在本单位已过日历天数÷365天）×职工本人全年应当享受的年休假天数 - 当年度已安排年休假天数。
• 注意事项：折算后不足1整天的部分，用人单位无需支付未休年休假工资报酬。

举例说明：假设小李在公司工作了3年，每年应享受5天年假，于当年7月1日离职（假设当年非闰年）。则他应休年假的折算天数为：（181÷365）×5≈2.48天，由于不足1整天的部分不支付，故公司应按2天支付未休年假工资。

二、工资报酬支付标准

对于未休的年休假，用人单位需支付工资报酬，具体标准如下：

• 支付比例：通常按照职工日工资收入的300%支付，其中包含用人单位已支付的正常工作期间的工资收入，因此实际上用人单位需另外支付200%的补偿。
• 差异处理：虽然国家有统一规定，但不同地区在具体执行细节和计算方式上可能略有差异。同时，双方签订的劳动合同或单位规章制度中也可能对年假折算及工资支付有特别约定。在不违反法律法规强制性规定的前提下，应优先按照约定或规定执行。

三、特殊情形说明

在特定情形下，年假的折算和支付可能有所不同：

1. 主动辞职且未休年假：若职工主动提出辞职且单位已安排年休假，但因个人原因未休，单位可不支付未休年休假工资报酬。
2. 不享受年休假的情况：包括职工依法享受寒暑假且天数多于年休假、请事假累计超过一定天数且不扣工资、以及根据工作年限和请病假累计天数等情况，职工可能不享受当年的年休假。

总结与建议：离职时未休的年假确实需要折算，并且用人单位有责任按照相关规定支付未休年休假工资报酬。在实际操作中，建议你先与用人单位沟通，了解年假折算和工资支付的具体情况。如果用人单位拒绝支付或存在争议，你可以依据相关法律法规，通过劳动仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。