若发现对方给公司虚开增值税专用发票，公司应立即采取以下措施进行处理：
停止使用并封存虚开发票：
- 公司应立即停止使用这些虚开的增值税专用发票，并将其封存，避免进一步的经济和法律风险。
内部调查与核实：
- 公司应迅速展开内部调查，核实虚开发票的具体情况，包括虚开的金额、涉及的交易、相关责任人员等。这有助于公司了解问题的严重程度，并为后续处理提供依据。
向税务机关报告：
- 根据《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则，以及《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，公司应向当地税务机关报告虚开发票的情况。税务机关将对此进行调查，并根据调查结果对公司和相关责任人员进行相应的处理。
- 报告时，公司应提供详细的虚开发票情况说明、相关证据材料等，以便税务机关进行调查和核实。
配合税务机关调查：
- 公司应积极配合税务机关的调查工作，提供必要的协助和资料。这有助于税务机关更快地查明事实真相，减轻公司的法律责任。
处理相关责任人员：
- 根据内部调查结果，公司应对涉及虚开发票的相关责任人员进行严肃处理，包括但不限于警告、罚款、解除劳动合同等。这有助于维护公司的内部纪律和形象，防止类似事件再次发生。
加强内部控制与合规管理：
- 公司应借此机会加强内部控制和合规管理，完善发票管理制度和流程，确保所有发票的开具、接收和使用都符合法律法规的要求。这有助于降低公司未来的法律风险和经济损失。
考虑法律救济途径：
- 如果公司因虚开发票而遭受了经济损失或法律责任，可以考虑通过法律途径追究相关责任人员的法律责任，以维护公司的合法权益。
在处理过程中，公司还需注意以下法律风险：
- 行政处罚风险：根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十七条，虚开发票的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
- 刑事责任风险：如果虚开发票的行为构成犯罪，如虚开增值税专用发票罪，相关责任人员可能面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役和罚金等。
建议：公司在处理此类问题时，应咨询专业律师或税务专家的意见，以确保处理方式的合法性和有效性。同时，公司应加强员工的法律意识和合规意识培训，提高员工对虚开发票等违法行为的识别和防范能力。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。