若发现对方提供的是假公司进行开票，核心处理方式是立即停止交易并采取法律措施，具体分以下情况处理：

1. 交易尚未完成，仅发现对方公司资质存疑
   此时应立即暂停所有交易行为，包括但不限于停止开票、暂停付款或发货。首先通过国家企业信用信息公示系统、天眼查等官方或权威平台核实对方公司注册信息（如统一社会信用代码、法定代表人、注册地址等），若发现信息与对方提供的不一致（如公司不存在、已注销、被列入经营异常名录等），可初步判断为假公司。此时应要求对方提供加盖公章的营业执照副本、法定代表人身份证明等文件，并通过官方渠道验证文件真实性。若对方拒绝提供或文件仍存疑，应终止合作并保留相关证据（如聊天记录、邮件、合同草案等）。

2. 已开具发票但发现对方为假公司
   若已向对方开具发票，需立即采取以下措施：

   • 联系税务机关：向当地税务局报告对方可能涉嫌虚开发票的行为，说明交易背景、发票信息（如发票号码、金额、开票日期等）及对方公司存疑的证据。税务机关将介入调查，若确认对方为假公司，已开具的发票可能被认定为无效，需作废或红冲处理，避免自身被牵连进虚开发票的税务风险。
     
   • 追回款项或货物：若交易涉及付款或发货，应立即联系对方要求返还已收款项或货物。若对方拒绝，可依据《民法典》中关于“欺诈”的规定（第148条），主张撤销合同并要求赔偿损失。此时需保留交易凭证（如转账记录、物流单据、签收单等）作为证据。
     
   • 报警处理：若对方涉嫌诈骗（如以假公司名义骗取财物），应向公安机关报案，提供对方公司存疑的证据及交易记录。公安机关将根据《刑法》第266条（诈骗罪）或第205条（虚开发票罪）立案侦查，追究对方刑事责任。

3. 已遭受实际损失（如款项无法追回、货物被骗）
   若因对方假公司行为已造成经济损失，除上述措施外，还可通过民事诉讼追偿：

   • 起诉对方：以“合同纠纷”或“侵权责任纠纷”为案由，向法院提起诉讼，要求对方返还财物或赔偿损失。需提供合同、发票、付款记录、沟通记录等证据证明交易关系及损失金额。
     
   • 申请财产保全：若担心对方转移财产，可在起诉时申请法院冻结对方银行账户、查封财产，确保后续执行到位。
     
   • 追究连带责任：若假公司背后有实际控制人（如“皮包公司”的幕后操作者），可尝试将其列为共同被告，要求其承担连带赔偿责任。

预防建议：
为避免类似风险，建议在交易前通过官方渠道核实对方公司资质，要求对方提供加盖公章的营业执照、法定代表人身份证明等文件，并签订书面合同明确双方权利义务。若交易金额较大，可委托律师进行尽职调查，降低法律风险。

如有进一步疑问或需要具体操作指导，可直接向我咨询。