您好，构筑物抵押登记的部门确实会因构筑物的性质以及所属地域的不同而有所差异，但一般来说，都需要在相关的不动产登记机构或特定部门进行办理。下面我将为您详细解释不同类型构筑物的抵押登记部门及流程：
一、一般原则
在我国，不动产（这包括土地、房屋以及附着于土地和房屋上的构筑物等）的物权变动，特别是抵押权的设立，必须进行登记，这样才能产生对抗第三人的法律效力。这一原则是构筑物抵押登记的基础。
二、具体分类与登记部门
以建设用地使用权一并抵押的建筑物等地上构筑物
- 如果您想要抵押的是城市中的商业大楼、住宅小区等建筑物及其附属构筑物，并且这些构筑物是与建设用地使用权一并抵押的，那么您需要前往不动产所在地区的不动产登记中心提交登记申请。
- 登记机构：通常是自然资源主管部门负责的不动产登记中心。
农村集体土地上的厂房等建筑物
- 对于乡镇、村企业的建设用地使用权，它不得单独抵押。当其厂房等建筑物需要抵押时，占用范围内的建设用地使用权也会一并抵押。
- 登记机构：同样是不动产所在地的登记机构，即不动产登记中心。
在建的构筑物
- 如果您正在建设中的大型商场、写字楼等构筑物需要抵押融资，那么您也需要到当地的不动产登记中心办理抵押登记手续。
- 登记机构：不动产所在地的登记机构。
特殊类型的构筑物
- 林木等与农业相关的构筑物：这类构筑物的抵押权设立需要到县级以上地方人民政府规定的部门进行登记，通常是林业主管部门。
- 交通运输工具相关的构筑物：如码头附属设施等，这类构筑物的抵押权自抵押合同生效时设立，但未经登记不得对抗善意第三人。具体登记部门会根据交通工具的类型而定，例如船舶由船籍港船舶登记机关负责，民用航空器由国务院民用航空主管部门办理，机动车则由公安机关交通管理部门负责。
三、登记流程与注意事项
- 由于具体的登记流程和所需材料可能因地区而异，我建议您在办理前先咨询当地的不动产登记机构或查阅相关官方网站，以获取最准确的信息。
- 在办理过程中，您务必确保提供的所有资料都是真实有效的，以免影响登记的顺利进行或导致不必要的法律纠纷。
综上所述，构筑物抵押登记的部门及流程确实会因构筑物的性质和地域的不同而有所差异。但只要您遵循一般原则，并了解具体分类与登记要求，就能确保抵押登记的合法性和有效性。希望这些信息能对您有所帮助！如果您还有其他问题，欢迎随时咨询。